日本《八幡愚童訓》記載：“六日至十三日，晝夜合戰不休”。
元軍從高麗合浦出兵至今，已在船上連續生活一個多月。盛夏的酷暑和生存環境的惡劣使得元軍中開始蔓延傳染病，已有兩三千人病死。
在今津方面，企圖登陸的元軍也被駐防當地的薩摩、大隅等國的武士所阻止。
這時，同江南軍的匯合期限將至，忻都等將領經過商議，決定撤回壹岐島——該島是兩路大軍事先約定的會師地點。
雖然元軍進展受阻，但是日軍戰敗的流言卻在日本內地流行開來。在京都，甚至傳言“九州已經滅亡，不久就會攻打京都”。
東路大軍在壹岐島逗留一段時日之後，眼見與江南軍約定的會合期限已過，該島周圍卻仍然不見一隻帆影。
忻都召集眾將，進行了數輪磋商，尋求對策。
高麗籍大將洪荼丘認為形勢不容樂觀：“向約江南軍與東路軍六月望前會於壹岐。今南軍不及期，我軍先至，大戰者數矣，船腐糧盡，將其奈何？”
此時，洪荼丘已生退意，只不過沒有明說而已。但其他將領也拿不出好的主意，就連一向敢言的金方慶此時也不發一言。
十幾天後，金方慶才說出了自己的明確意見：“我等奉旨備三月糧，今尚有一月之糧，不如先待江南軍到，再合而攻之，必可破此島夷”。
金方慶的建議遂成決議。東路軍繼續固守壹岐島。
江南軍本應在6月中旬前到達平戶島，與東路軍會師，卻遲遲不見蹤影。
原來早在3月，就有日本船隻順風漂流至中國大陸，元朝方面令其水工畫日本地圖，並詳細詢問日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有個名為平戶的小島，周圍皆水，是一處天然的港口，且防備薄弱。
元朝徵東行省得知這個訊息後，便臨時更改了作戰計劃，決定把東、南兩軍的會師地點改在平戶島。因為太宰府才是此次東征軍所要攻佔的戰略要地，平戶島近水樓臺，元軍可繞過對馬等島嶼，直接實施“越島作戰”。
忽必烈對這個改動方案表示認可。於是江南軍方面便派出了一支六十艘船的先遣隊赴日，意在向東路軍通報作戰方案變更之事。但是江南軍先遣船隊卻因航道生疏，沒有如期到達壹岐島。
五 元軍二次東征——日本真的打勝了（5）
另外，事先安排元軍總指揮阿剌罕與江南軍同時出征，但阿剌罕卻因年紀老邁而突然病故，忽必烈不得不臨戰易帥，臨時任命阿塔海為兩路軍總指揮，以履行阿剌罕之職。阿塔海又不能立即達到寧波，於是范文虎在倉促之中於6月18日命令江南軍起錨離港。
江南軍在遭遇多端變故的情形下，於公元1281年6月底到達日本。該軍之一部突破日軍防線，進入壹岐島。7月初，該軍主力十餘萬人到達預定陣地平戶島。
7月上旬，固守在壹岐島的東路軍及江南軍之一部開始向平戶方向推進。南北兩軍終於完成匯合，能夠參與作戰的兵力共計十四萬。
平戶島周圍海域佈滿了遮天蔽日的元軍旗幟。經過幾日的整編，7月下旬，元軍派出小股部隊進行嘗試性登陸，並於27日佔領肥前鷹島，將之作為前進基地。
與此同時，日軍方面也開始調整兵力，多路援軍馳援平戶島、鷹島。
在這一次戰爭中，日軍的戰爭動員和組織能力都有所提高，他們憑藉有利地形構築防禦工事，並且奮勇作戰，但是終究不能對元朝聯合部隊起到有效的阻擊作用。並且江南十萬大軍還沒有實質性參與到戰爭中來。眾所周知，登陸戰的關鍵在於搶灘，而非此後的陸戰，一旦十四萬大軍在博多登陸，日軍的抵抗力將被進一步削弱。
7月30日，元軍原計劃於該天啟