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當克什米爾問題暫時平息的時候，也就是貝·布托離開的時候。1990年8月，貝·布托因其丈夫阿西夫涉嫌貪汙而被撤掉總理職務。其實，阿西夫貪汙不過是貝·布托下臺的原因之一，主要矛盾還是發生在貝·布托與總統以及軍隊之間。在貝·布托上臺後，她所制定的政策就違背了總統以及軍隊的初始意願。而且，貝·布托當年競選時所做的承諾也沒有一一兌現，巴基斯坦的秩序依舊混亂不堪，這讓人民對新政府頗有微詞。
撤職並不能打消貝·布托重回政壇的決心，她在民間繼續和人民黨一起為了10月的大選奔波。不過，在10月的大選中獲勝的是貝·布托的老對手納瓦茲·謝里夫，貝·布托再次遭遇失敗。。
謝里夫政府在11月成立，而貝·布托也在11月接受了特別法庭的審訊，罪名是她涉嫌濫用職權、收受賄賂等。面對謝里夫新政府的指控，貝·布托一路上訴，她有豐富的政治經驗，懂得什麼時候該做什麼樣的決定。
謝里夫處心積慮登上了執政舞臺，上臺後才發現自己面臨著同樣的問題：總統權力過於全面。這是哈克軍法統治所殘留的痼疾，他當總統的時候特地透過《第八憲法修正案》加大了總統特權，把總統一職推上了權力*的巔峰。謝里夫所當選的是總理，他的各項職能和權力都在總統權力的限制之下。當初伊沙克·汗總統就是依靠《第八憲法修正案》授予總統的解散議會和政府的特別權力，廢除了貝·布托的總理職務。為了防止類似的事情發生在自己身上，謝里夫宣佈廢止總統解散議會和政府的特別權力。
謝里夫的決定惹惱了伊沙克·汗，政府與總統的矛盾持續升級。還有一件事讓身為*聯盟領導人之一的伊沙克·汗十分不滿，那就是巴基斯坦*聯盟主席病逝，謝里夫沒有經過任何人的同意就擅作主張將自己提名為主席候選人，其急於攬權的姿態讓伊沙克·汗心生警惕。
正當謝里夫和伊沙克·汗內鬥的時候，貝·布托殺回了巴基斯坦。伊沙克·汗一改往日對貝·布托的橫眉冷對，換了張笑臉迎接貝·布托的回國。顯然，伊沙克·汗是在拉攏貝·布托以及人民黨，希望能在與謝里夫的鬥爭中獲勝。這次貝·布托抓住機會，要求伊沙克·汗能夠答應解散國民議會和省議會，並在3個月內舉行大選。此時的伊沙克·汗只希望能儘快趕走謝里夫，他答應了貝·布托的要求，就這樣，過了3年總理生活的謝里夫匆匆下臺。
謝里夫上訴至最高法院指控總統行為違反了憲法，要求法院作出裁斷。折騰了幾個月，謝里夫勝訴重新回到了總理位子上。然而，沒坐多久他便在10月的大選中敗下陣來。
1993年10月6日，巴基斯坦大選，人民黨再次以壓倒性優勢獲勝。兩個星期後，貝·布托風塵僕僕走馬上任，第二次出任巴基斯坦總理。
貝·布托和人民黨經過幾個月的休整和治理，總算是讓巴基斯坦朝著安定的方向前進。這次，貝·布托的地位相對而言較為牢固，因為新上任的總統法魯克·萊加里是人民黨的骨幹，他對自己的政黨忠心耿耿。有了上次的經驗教訓，貝·布托跟軍隊儘量保持友好親密的往來，清除潛伏在身邊的危險因素。
儘管如此小心謹慎，可就在這時，貝·布托的家庭內部卻發生政治分裂。
貝·布托的大弟弟米爾·穆爾塔扎·布托當年因遭到哈克軍法管制的*而到處流亡，1993年，米爾結束了16年的流亡生涯回到祖國。然而，他回國後並沒有支援貝·布托的統治，轉身加入了反對姐姐的行列。米爾一直以來都覺得自己才是最有資格繼承父親事業的人，他是長