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到1890年十月，日軍因為戰事以及傷病等原因，陣亡達八百餘人，另有將近一千餘人失去戰鬥力，旅團長大佐大島義昌也因感染痢疾而發起了高燒，幾乎重病不起，被迫回國養病。日軍攻勢受挫。
1890年11月，日軍再次向棉蘭老島增兵一個混成旅，以少將川村景明為指揮官，再次對棉蘭老島的叛軍進行掃蕩。
1891年1月，日軍已經佔據棉蘭老島一半的土地，但叛軍藉助地利，依舊不停的對日軍展開反擊。而在土著出其不意的襲擊以及當地溼熱的天氣等問題，日軍在兩個月內再次出現大幅度的減員，總數超過兩千人計程車兵失去戰鬥力。
此時，遠在日本的山縣有朋等人才知道自己接下了一個燙手的山竽。但是他們已經騎虎難下。而且，透過前線日軍的考察，他們發現棉蘭老島遠比想象的更加富饒，尤其是那大片大片未開發的肥沃土地，一年四季都可以進行種植……所以，經過商議，日本再一次派出了一個師團，以中將兒玉源太郎為首，率東條英教、小川又次、田村怡與造等陸軍精英前往菲律賓。而與之同行的，還有大批貧苦的日本農民……
就這樣，一直到1891年6月，日軍終於初步掃清了棉蘭老島，雖然還有零星的反抗，但已經難以影響大局。但是，在這將近一年的掃蕩中，日本付出了大量的傷亡，一個師團又兩個旅團，光是陣亡就有將近四千人，另有六千多人受傷以及五千多人染病……如果不是因為死命堅持，部隊可能早早地就失去了戰鬥力。
不過，雖然傷亡慘重，日本人還是覺得物有所值。勤勞肯幹的日本農民在棉蘭老島進行了大面積的墾荒，大批的良田被開墾了出來，再加上棉蘭老島的一些特產，使得原本因為軍隊傷亡過重而鬱悶不己的山縣有朋等人勉強給了自己一個高興的理由。不過，僅僅是農業上的開發還不能滿足日本人，大批的商人和工礦人員開始朝菲律賓進發，日本人要在棉蘭老島進行更深層次的開發，並且尋找他們最為稀缺的礦業資源……
而就在日本人在菲律賓，在棉蘭老島大動干戈的時候，遠在太平洋東岸的唐州也沒有閒著。
1891年8月，巴拿馬運河終於開通。這條原本預期要用十多年才能完工的運河在大批華工的辛勤勞動下，不足十年便宣告通航，堪稱奇蹟。在巴拿馬運河的開通，也意味著以郭金章為首的唐州正式掌控了太平洋與大西洋之間的交通咽喉，意味著大筆大筆的金錢將進入到唐州的口袋。
而就在巴拿馬運河開通之後，在唐州的暗中運作之下，委內瑞拉的阿普雷州等幾個靠近哥倫比亞邊境的的州突然宣佈脫離委內瑞拉，加入哥倫比亞。對此，哥倫比亞政fu表示無任歡迎，國防部長桑托斯迅速派出軍隊前往該地，並在當地政fu的協助下完成了佈防。委內瑞拉此時才剛剛擺脫內戰，重新選舉出新總統，看到這個情形自然是大為憤慨，可面對強勢的哥倫比亞他們卻甚是無力，在經過一番沒有效果的抗議和輕微交火之後，不得不宣佈阿普雷等州反叛，將其“驅逐”出了委內瑞拉。但是，委內天拉政fu並不知道，他們最終的認命反而堅定了哥倫比亞逐步蠶食委內瑞拉的決心，並最終在十多年後將整個委內瑞拉，還有厄瓜多全部吞併，重新建立了大哥倫比亞共和國。而桑托斯這個被唐州所推舉出來的代言人也成為了新成立的大哥倫比亞共和國的第一任總統。
而就在哥倫比亞吞併阿普雷等州吸引了大批的注意力的時候，唐州也開始了自己的另一番運作：修築巴拿馬運河的七萬多華工被唐州政fu毫無信義的全部運到了得克薩斯東南部，被迫開始了80公里的休