奏摺後，當即委任呂賢基擔任安徽團練大臣，於是李鴻章與呂賢基一同回到安徽。第二年，李鴻章的父親李文安，也被舉薦回鄉辦團練。一時間，李家父子的團練“整齊皆可用”名聲驟起。李鴻章先後隨琦善、勝保等清廷大員在皖省與太平軍及捻軍作戰。
李鴻章既以書生身份帶兵，既有著“專以浪戰為能”的記錄，當然也有“翰林變作綠林”的惡名。數年來的團練生涯，使他逐步懂得了為將之道，也就是凡事都不在一時的勝敗，更不能逞匹夫之勇。去年，他協助勝保，設計謀利用隱藏在天軍內部的漢奸們，在皖中、皖北大敗韋昌輝，並一度圍困廬州。雖然最終未能如願收復廬州，但是在琦善、勝保的保舉下，他還是因戰功被賞加了道臺銜。
忠義救國軍成立，開始遴選招考官員，他反覆盤算之後，覺得這是一條更好的出路。當然，進入忠義救國軍，官職能夠得到更快的升遷，這是他和那些打破腦袋拼命也要擠進來的人一樣共有的願望，不過，他也許想的更多。他研究過近十來年曆次中外之間的戰役，西學較之國學很多方面有區別，能看到的槍炮、造船、鐘錶等等，無一不比中國更為先進。可是，對於俄國人，他似乎並沒有多少的好感，常年的邊界糾紛，逼的朝廷賣土求安是一回事，主要的還是俄國人比起英法等國來，在各方面卻是都要還相差很多。
一經考核錄取，他被暫時委任為忠義救國軍總統醇郡王奕譞的洋務襄理耆英的助手，與俄國人交涉各種建軍的事務。雖然這還只是個沒有什麼實權的位置，可是官職卻頓時升遷，等同按查使銜。忠義救國能得到的好處，來的就是這麼的快。
從心裡講，李鴻章對這個“曲線救國”的招數還是很讚賞的。眼下，長毛之亂已經動搖了朝廷的根基，鬧的民不聊生。“長樁寺前打粥婦，兒生六月娘十九。官家施粥但計口，有口不論年長幼。兒食娘乳孃食粥，一日兩盂免枵腹。朝風餐，夕露宿。兒在雙，兒亡獨，兒病斷乳孃淚續。兒且勿死，為娘今日趁一粥，掩懷拭淚不敢哭。”他很欣賞祁雋藻這位道光、咸豐兩朝正直的立朝宰相寫的這首詩。如果不是長毛作亂，何有如此悲慘的情形？
才來到京城沒多久，那些亂七八糟的話就沒少進了他的耳朵。罵他們“忠義救國軍”都是什麼二鬼子漢奸，剛巧原來就有人叫他李二先生，對這個二鬼子的稱呼，他更是天生反感。唉，真是些無知之輩，難道國破家亡就好了嗎？李鴻章就是這麼想的，長毛一旦翻了天，那就是國破家亡，而引狼入室那卻是經世致用的最佳選擇。來幾個洋人怕什麼，只要自己能借機強大起來，趕走他們還不是早一天晚一天的事情？洋人要的是土地，是銀子，長毛可是銀子、土地連同大清的天下一起要。凡是肯做二鬼子的，無論如何都能給自己找到一個這麼做應該的理由和藉口。
奕忻把皇上，或者說是懿貴妃的上諭大致向這幾個心腹交代了一下，眉頭不展，“上諭所說的是一回子事兒，不過，這個錢的方面還是個大難題，本王想了多日，總是沒有個更好的主意。”
“王爺，錢的方面我也沒有什麼好主意，只是這興建水師的事情可是刻不容緩了。我私下和幾個天津過來的英國人有過了解，聽說他們已經開始了鐵甲艦的製造，要想湊足一隻艦隊的大型炮艦，建造起來沒個幾年的下不來。另外還有，能夠指揮好這種艦船的，非一般軍人能勝任，所以，王爺還是應該再向聖上陳述，應當儘快挑選一批年少的有為學童，提前送往西洋，學習艦船方面的知識。”李鴻章建議著，“至於訂購艦船的事情，倒可以再想辦法。”
“為什麼不送去俄國？”榮祿有些奇怪地看看李鴻章，“按照我們和俄國人之間的協議，完全可以用別的名義先把這批人送出去，然後再慢慢上奏朝廷，兩不耽誤。還省去了不少的銀子花費。”