西曆2199年。
變成赤紅大地的地球，已然來到了毀滅邊緣。
距離當今時間八年前，人類歷史上第一次與地外文明接觸。
在人類抱有希望和平交往的希望面前，名為伽米拉斯的地外文明單方面悍然開啟戰端，毫不留情地對人類，對地球展開了持續的無差別攻擊。
在一輪輪的無差別攻擊之下，原本蔚藍美麗的地球在伽米拉斯所使用的長距離流星炸彈的破壞之下，地表生態環境被完全摧毀，河流，海洋被蒸發，成為一片死寂的赤紅之地，豐饒的大地成為一片火海，人類以及眾多動植物賴以生存的大氣被汙染。
人類已然無法繼續在地表上生存，只能蜷縮在地下都市當中苟延殘喘。
而如今，距離人類滅亡，還有短短的一年時間。
在這絕望的危機中，一艘為人類帶來希望，將人類從滅亡中拯救出來的，代號為天照的宇宙飛船跨越星空，即將抵達太陽系，為了迎接這載著希望的宇宙飛船，人類集結兵力於2199年1月發動了冥王作戰，為這艘“天照”宇宙飛船提供掩護。
然而，在“天照”剛進入火星大氣之時，其引擎突然發生爆炸，最後凌空爆炸。
負責接應這艘“天照”宇宙飛船的兩名聯合國士兵古代進以及島大介來不及為之驚訝，便連忙駕駛戰機朝著宇宙飛船爆炸之前所彈射的逃生艙所降落的方向追了過去。
滾滾濃煙之下，在那殘破的殘骸不遠處，一個在支撐架的作用下，保持著斜立的逃生艙靜靜地赤紅的丘陵之上。
可惜的是，在兩人靠近這個逃生艙，並且對逃生艙進行檢查時，才發現身處逃生艙當中，為人類帶來希望的使者，名為莎夏·伊斯坎達爾的異星使者失去了一切生命反應，當場宣佈死亡。
只剩餘，被其緊緊地抱在懷中的希望——名為波動核心的“希望”還在持續運作當中。
兩人沒想到自己所迎接的使者竟然會在與他們匯合前，便已經死去。
如此變化，讓心中升起的那麼一絲喜悅隨即煙消雲散。
古代進面露悲傷，一時之間失去了反應。
而在其身邊的島大介伸手將那還處於運作當中的“希望”拿在了手中。
“這便是我們這一次任務的目標了嗎？”
古代進看向島大介手中的“希望”，剛想說話的時候，突然察覺眼前似乎有著什麼東西正在閃爍。
“金···金色的閃光？！”
沒等兩人反應過來，一陣異樣的觸感凌空降臨，讓兩人下意識地回過頭，看向前方。
“古代！！那···那是？！”
島大介雙眼瞪大，下意識抬起手指向前方的天空。
“飛···飛鳥？！金色的飛鳥！！”
古代進震驚地看著前方的天空。
縱使人類曾經在火星上進行過殖民，但並不代表現在的火星地表上還存在任何生物，更不用說是翱翔天際的飛鳥！
但是，眼前那片天空之上的飛鳥又是怎麼回事！！
“快躲開！古代！”
島大介突然將古代進從逃生艙邊上拉開，快步退到了十多米開外。
“島！”
古代進只來得及喊出好友的名字，便被那急速從天際之上俯衝而下的金色飛鳥所震撼。
只見，伴隨著那金色的飛鳥凌空落下，瀰漫在空中的金色閃光越發地稠密。
轉眼間，從兩人身邊瀰漫而過的金色閃光幾乎匯聚成了一條溪流。
“這，這是某種粒子？！”
古代進下意識地伸手觸碰了一下從眼前流淌而過的“金色溪流”的瞬間，一股神秘的意識赫然湧入了古代進的腦海當中。