敲鐘的方法是緊敲十八下，慢敲十八下，不緊不慢再敲十八下。如此反覆兩遍，共一百零八下。為何要定為一百零八下呢？一種說法是一年有十二個月、二十四個節氣、七十二個候（五天為一候），合為一百零八。鐘鳴一百零八響，象徵一年輪迴，天長地久。另一種說法是，人有一百零八種煩惱，鐘鳴一百零八響，以盡除人間煩惱。
除此之外，金山寺裡的鐘還有另外一個敲法，只敲兩長兩短四下。這是在寺中有大事發生時，通知全寺僧人集合用的。此時已是深夜，金山寺內鐘聲驟然響起。當僧人們聽到兩長兩短的四聲鐘響時，便知道寺中有大事發生。眾僧顧不得深夜，連忙起身穿衣，來到大雄寶殿集合。
大雄寶殿是金山寺的主體建築，建於明朝時期。大殿歇山重簷，雕樑畫棟，黃牆紅柱，金色琉璃屋面，白石柱礎欄杆，氣勢雄偉莊嚴。大殿為正方形，殿高和殿深都是八丈一尺，殿內三十六根子柱擎立。金山寺的大雄寶殿既有北方宮廷雄渾富麗氣勢，又有南方園林精美雅緻的風格，大殿外牆書“莊嚴國土，利樂有情”八字。
殿內正中供奉的是釋迦牟尼佛，阿彌陀佛和藥師佛分立兩側，再兩旁為十八羅漢。背面為南海觀音像，兩旁站立善財童子、龍女。中有金山寺德雲比丘，金山寺海島圖也在其中，特別引人。大殿上方四周，圈棚列出五十六尊羅漢。日本兵來到殿中，頓時感覺到莊嚴的佛教氣息，身上的煞氣立刻弱了很多。
不一會兒功夫，方丈看僧人到齊，清了清嗓子說：“這麼晚叫大家起來，因為剛剛有一個逃犯藏到了寺中，這是皇軍親眼所見。大家安心在殿中念一會兒經，待皇軍搜查完畢之後，再回去歇息吧！”
說完，住持自己在大殿正中的蒲團上盤膝坐下，開始專心誦經。寺中僧人一聽，立刻交頭接耳的議論起來，大殿中頓時響起嗡嗡的議論之聲。
方丈用力敲了敲木魚，高聲說：“別吵了，都趕快坐下誦經吧！”一個執事僧站出來說：“方丈師兄！我等睡下之前，並未見寺中有人進入，睡下後也沒聽到任何動靜。方才我問了知客僧，他說從未開過寺門，怎麼會有賊人進入寺中呢？”方丈重重敲了敲木魚，嚴肅的說：“不要說了！就讓皇軍去搜一搜，大家都坐下唸經吧！”眾僧只好依言坐下。
日軍小隊長滿意的點了點頭，帶著十個手下離開了大雄寶殿，開始在寺中搜查起來。待日軍離開大雄寶殿之後，方丈這才嘆了口氣，語氣沉重的對眾僧說：“你們別看日本人表面上客客氣氣，其實那只是他們敬畏我佛，並不是因為咱們這些僧人。如果不順著他們，恐怕會為寺院惹來禍端的！雖說日本人追捕的，肯定是抗日誌士。但我們沒看他來到寺中，更不知道他藏身何處，實在無從遮掩啊！”
日軍憲兵小隊失去了軍犬，無法再靠狗鼻子追蹤，現在也只能靠人眼了。小隊長無奈的吩咐道：“大家分頭搜吧，三個人一組，小心那人的偷襲。我和副隊長在院中盯著，防止他趁機溜走！”
九個憲兵分成了三組，一間房一間屋，仔細的搜尋起來。寺中僧人都已經到大雄寶殿集合，所有的房間裡都是空無一人，他們搜了一會兒毫無發現。金山寺房屋並不多，日本兵很快就搜完了所有的僧舍，只剩下一座慈壽塔沒搜了。
慈壽塔又名金山塔，建於一千四百年前的南朝齊。唐宋時期本有雙塔，叫“薦慈塔”、“薦壽塔”。1472年，日本畫家雪舟等楊曾經登遊金山，繪製了《大唐揚子江心金山龍游禪寺之圖》，圖上有南北相向的兩座寶塔。慈壽雙塔後毀於火，雙塔倒坍後，明代重建一塔，取名慈壽塔，到清代咸豐年間此塔又毀。
光緒二十年，金山寺住持隱儒和尚誓建此塔，去北京向清廷呼籲，慈禧命他自行募捐修建。他奔走南北，沿門托缽，多方募化，並得到兩江