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本來這水師隸屬於福建水師提督府，不由唐耀坤指揮，但馬尾炮戰爆發後，清軍成立一個臨時總指揮所，水師沒什麼作用，也歸於臨時指揮所指揮，希望到時也能起點什麼作用。臨時總指揮所由唐耀坤總兵任總指揮，這個職務沒有人想跟他爭，那些高官貴族知道自己的斤兩，誰也不想去送死，早已遠遠躲了起來。福建水師提督就攜帶全家老小躲到自己鄉下的莊園去了。
突然出現的清軍水師艦隻，嚇得法海軍一身冷汗，馬上調轉方向，炮射清軍水師。不過，令他們奇怪地的是：“怎麼這些清軍艦隻不向他們衝來？也不向他們開炮？只是一個勁地往閩江口衝去？”法海軍隨即尾隨清軍水師追去，但他們不敢靠得太近，清軍水師儘管沒有遠端火炮，如果靠得近，他們還是會還擊的。
法海軍邊追邊炮擊，有幾艘清水師艦隻，未能到達閩江口，就被擊沉了。越來越少的艦隻令清水師加快行駛速度。法國海軍似乎明白了什麼，又似乎什麼也不明白，只是憑感覺自己有危險，更是不要命地向前追擊。
在閩江口，法海軍士兵看見令他們永世不忘的壯烈的一幕：許多清軍水師，自行戳爛船身，緩緩沉入江底，船上的水兵紛紛跳入水中逃生。
“歐！封鎖閩江口，我的上帝啊！”法海軍士兵一片驚叫聲。
閩江口內外水面上的法海軍拼命的炮擊，希冀能在那些船隻沉入江底前，擊散它。而裡面的那幾艘船隻還不要命地向外衝，希望在河口被封鎖前衝出去。最後，有三艘法國艦艇被封堵在閩江內河裡，有兩艦衝了出去，一艘還被撞壞了船身，湧進大量的河水。
閩江河道被堵，馬尾炮戰以清軍慘敗的方式，悲壯地阻止了法海軍的進犯，基本達到了保衛福州的戰略意圖。法海軍此戰，除傷亡大量清軍外，自己亦有所損失，更主要的是沒有達成自己的戰略目的。他們以勝利者的姿勢卻失意而去。
而那三艘被困的法海軍軍艦，他們憤怒的溯江而上，到達福州城，把所有的炮彈傾瀉到福州城內，造成無辜平民一百七十多人傷亡，毀壞燒壞民房無數，最後又返回閩江口磨蹭了幾天，在法海軍外面艦隻的配合下，勉強弄開一個口子，兩艘較小的艦艇得以逃脫，另一艘大的‘賽揚’號為免落入清軍手中，只能重複清水師的動作，自行炸燬沉江了。
此一得不償失的馬尾炮戰，迫使法遠征軍只能重新修訂戰略部署。遠征軍司令梅特葉上將對於此種戰役結果有點目瞪口呆：“不能以常理理解這些東方人啊！”他再次召開高階軍官參謀作戰會議，詳細諮詢了古斯特少將的戰略想法，準備採納他的方案。
古斯特少將認為：“既然繼續進攻福州已無可能，就應果斷放棄，轉首北上，進攻清朝政府的京津重地。不過，在進攻之前，需建立一個補給站，作長遠打算。居於此目的，這個補給站綜合各方條件，清國臺灣島的基隆港是最理想的地點。”
梅特葉上將命令：“參謀作戰部擬訂好佔領臺灣島基隆港的作戰計劃，準備在1853年5月20日之前拿下它。”
第六十四章 曾國藩與李鴻章
臺灣，是東海大陸架的一部分，與福建省隔海相望，是福建省海底大陸架的延伸。因此，有人戲稱其為“浮福建”，意思是說，臺灣是福建省漂浮在海上的部分。
臺灣島形狀狹長，地形像一