它攜帶著許許多多過去發生的突變點。我們在上一章裡已經講到，具有多型性的區域越多，對我們的研究就越有利。如果只知道蘭德斯泰納的血型分類，所有的人只能被分成4類：A、B、AB和O，而Y能提供豐富、大量的多型性。更關鍵的是，和mtDNA相同，因為Y不發生重組，因此我們能夠推斷出其中變異產生的順序。沒有這個特點，我們便無法用朱克坎德和鮑林的方法來追蹤譜系的故事，“奧卡姆的剃刀”也無法幫助我們找到我們的祖先。
Y如何能不經過重組而存在呢？我們已經知道，為了適合環境的變化，我們需要創造出更多的多樣性，Y的現象是否與此相矛盾？簡單地說，正是進化“決定”了Y不發生重組，這是因為Y上的功能基因數量很少。在不同的基因組中，活躍基因的數量差別極大，例如，線上粒體中是37個，一個基因組中基因的總量約為3萬個，平均每個染色體約有1500個。線上粒體的細菌先祖中，數以千計曾經存在的基因，已經在幾百萬年裡，隨著時間的流逝而消失了。這是由於線粒體的寄生依賴性越來越強，在“溺愛”它的細胞中，它逐漸放棄了“自治權”，一些線粒體進入了DNA核，產生了這樣奇怪的結果：我們基因組的一部分來自於細菌。因此，線粒體DNA的情況是，似乎某種力量強迫它失去自己的基因，轉變成了細胞核中的關鍵組織，而細胞核中的重組也使線粒體在進化的競爭之中保留了下來。
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夏娃的“伊甸園”（2）
同樣，在Y染色體上也存在基因丟失的現象。一個染色體平均約有1500個活躍基因，但在Y上只能檢測到21個。其中的一些基因重複存在，在前後都進行復制，如同一臺“影印機”。在複製某個點的基因時，變得“口吃”起來，而這些被重複複製的基因，在我們生命的“木符”上，只能作為一個基因被刻在上面。有趣的是，Y染色體上的所有的21個基因全部參與了對“男性”的創造，特別是SRY基因，即“Y的性別決定區域”，正是它決定著一個胚胎的未來性別是否為“男性”。其他次要功能的基因決定男性特徵和行為。除了這21個基因，其他大部分基因我們至今無法確定它們的功能，它們被稱為“垃圾基因”。它們代代相傳，而我們現在還不知道它們有何效用。
我們已經知道，我們只能透過研究人群彼此的區別來研究人類多樣性，遺傳的語言寫在人人都攜帶的多型性之中，正是這些不同的多型性使我們成為獨一無二的個體——除非是雙胞胎，世界上不可能出現兩個基因多型性圖譜一樣的人，因此DNA“指紋”鑑定，在指認真正的罪犯方面不會出現任何誤差。隨著Y…染色體，它將引領我們沿著一條獨特的男性譜系之路尋根溯源，從兒子到父親再到祖父，一直向上追蹤祖輩的足跡。可以這樣說，Y…染色體可以從正在生活的任何一個男子的DNA，追溯到人類的第一個男性祖先——“亞當”。但是，Y能把不同區域、毫不相關的男人與男人聯絡在一起？每一個男人所擁有的獨特Y…染色體譜系都能回溯到“亞當”？
答案是肯定的，但原因非常複雜。事實上，我們並不像我們所認為的那樣彼此無關。想象一下，我們的大多數基因組並非來自父親或母親。因為我們從父母雙方那裡各繼承了一半DNA，其所包含的多型性圖譜可以用來確認血緣關係。如果經法院檢測，我的DNA與一個我從未謀面的男孩的DNA有50％相配，那麼法院一定會判定，我必須擔負撫養這個男孩的責任，因為發生這種巧合的可能微乎其微，到了幾乎不可能存在的程度。因此，多型性確定了我們、我們的父母、一個家族是獨特的人類之樹上的一個枝節，其他的家族、其他的人群同樣如此，每個人群的DNA都在講述著不同的故事。
進一步想象，現在