關於滯留下來的江南軍的命運，各國史料可以說眾說紛紜。
公元1281年，是為中國元朝至元十八年，日本弘安四年。所以該次戰爭又被日本稱為“弘安之役”。
喪師辱國的范文虎回去後無法交代，於是撒謊告訴忽必烈：“赴日之後，本欲進攻太宰府，不料暴風突襲，集結殘部組織戰鬥之際，萬戶厲德彪、招討王國佐、水手總管陸文政等不聽節制，倉皇逃逸，臣不得已收拾殘軍回到高麗，爾後就地遣散。”
元世祖對海洋也是陌生的，但他清楚海洋的脾氣與草原和陸地肯定是不同的，在沒有證據的情況下，只有相信范文虎的謊言。
一年之後，即公元1282年，在日本淪為奴隸的一名江南軍士兵歷經劫難逃脫回國，向元世祖忽必烈說出了風暴之後的實情：“諸將各擇堅好船乘之，棄軍士十餘萬人于山下”。不久，又有兩名士兵也逃回國內，所述與前者相差無幾。
元世祖忽必烈震怒，下令將范文虎等徵東諸將治罪，獨赦張禧。
六 元日關係“政冷經熱”
忽必烈無法嚥下徵日失利這口氣。並且高麗國王因為倭寇侵擾頻繁、沿海受害嚴重，上書忽必烈，要求元朝派軍隊進駐沿海，加強防禦。
公元1283年，忽必烈計劃再次發兵攻取日本，甚至在人事上做了新的安排：命阿塔海為日本省丞相，與徹裡帖木兒右丞、劉二拔都兒左丞募兵造舟。淮西宣慰使昂吉兒上言請求罷兵，禮部侍郎劉宣認為東征“重困民力”。
臣子們的諫言並非只是建立在防止民變這一點上。
在中國南方，有一批南宋遺民再次舉起反元旗幟，確切地說，這批反元力量在五年前就已經開始活動，只不過這一年兵力大增，多達十萬眾，他們將這一年的年號定名為“宋祥興五年”，連續進軍崇安（今福建崇安）、浦城（今福建浦城），並圍建寧府。到了公元1283年冬天，這批義軍軍力更是增至二十萬。以至於大元朝廷驚呼：“福建歸附之民戶幾百萬……十去四五”。
與此同時，在清遠（今廣東清遠）一帶的另一批義軍更是敢於稱王反抗，並自設丞相、招討等職，兵力也多達十萬眾。
於是，元朝開始忙於應付中國南方的人民起義。
窩闊臺大汗的直系後裔海都等人更在北線發起進攻，公然挑戰忽必烈的蒙古大汗權威。
公元1284年，忽必烈考慮到日本崇尚佛教，派遣王積翁與僧人如智前往日本再次出使，不料同行的人中有不願前往者，他們共同謀殺了王積翁，這批使團根本沒有到達日本。
兩年之後，面對棘手的南亞事務，忽必烈的徵日慾望再次被擱置，他自己說：“今交趾犯邊，宜置日本，專事交趾。”
日本再次免於忽必烈東征蹂躪——大陸各地對這個超級帝國的抵抗分散了忽必烈的注意力，這一點不得不說是一個極其重要的因素。
忽必烈並沒有最終放棄征服日本。
在第二次東征戰爭結束十一年之後的公元1292年，元又向日本發出了牒狀，並付上了高麗國的國書。同年3月，忽必烈甚至向琉球派遣出一支船隊，他似乎打算對前兩次的作戰計劃和登陸地點進行調整。
第二年2月，元朝又在鴨綠江至耽羅島的海路上設定驛站，並直接從元朝派專人負責，忽必烈甚至從中國南方運糧十萬石至江華島。
但是在公元1294年，忽必烈死了。
元成宗大德二年，即1298年，江浙省平章政事也速答兒上書請求用兵日本。元成宗答道：“今非其時，朕徐思之。”
這位新的皇帝與其前代有所區別，在位之時，他試圖改變整個國家戰略，停止對外戰爭，專力整頓國內軍政。他在漢族顧問的建議下，