襲的戰事中，幕府執權北條時宗痛感日軍指揮散漫、戰鬥力低下，便三令五申整飭軍律，進一步強化“異國警備番役”制度，北條時宗在公元1280年年底的一份幕府法令中警告說：“蒙古異賊等明年四月可襲來雲……近年守護御家人……多以不和之間，無同心儀之由……不顧天下大難，甚不忠也，御家人已下軍兵者，隨守護之命，可致防戰之忠……相互以背仰者，永可被處不忠之重科……”
北條時宗屢次勸諭，他對將軍們的要求與忽必烈如出一轍：希望各方面能夠放棄內訌，精誠團結。
按照元軍的既定作戰計劃，東路軍於5月3日從高麗出發，順風抵日，第一部作戰目標仍然是攻取對馬島和壹岐島。
東路軍在日軍干擾下完成登陸，以大炮首攻，騎兵衝鋒，附以弓弩，日軍敗退，其將領少貳資時戰死。5月21日，元軍佔領對馬島、壹岐島。
元軍二度來襲、日軍臨陣敗退的訊息很快傳至京都，朝野上下再次陷入慌亂境地，一時間人心惶惶，京都官民瘋狂儲備糧食，以致無米可買。
日本後宇多天皇得到訊息後在神宮整整祈禱七天七夜，龜山上皇則派人到伊勢神宮許願“願意殉身以代國難”。
幕府執權北條時宗得知戰況的時間稍晚，他問計於南宋赴日僧人祖元大師，祖元要求他“血書大經”，北條時宗立即刺破手指以血寫經祈禱。這種行為對於戰爭的進展表面上看沒有關係，卻能最大限度地凝聚本國民心。這大概就是宗教的厲害之處。
另一方面，面對元軍的繼續推進，日軍也加緊了防守部署。參加過上一次抗蒙戰爭的藤原經資依然任九州地區戰事總指揮，他動員了約四萬武士守衛沿海石壘陣地，甚至連其老父都披甲參戰。此外，四國等地的武士約六萬人也被緊急動員，以作為後續兵力補充前線。
顯然，元軍二次東征所面對的抵抗要超過第一次。
東路軍在首戰告捷之後，按照早先的部署，應於此地等候南路軍會師。
洪荼丘、忻都等將領，有搶功突進的衝動。並且他們從捉到的日本島民口中得知，日本已於太宰府西部六十里處進行戰備佈置。東路軍立即將這一情報向位於高麗合浦的“徵收日本行中書省”做了彙報，認為無軍應該乘日軍佈置未備之時乘勝進擊。日本行省很可能預設了這一計劃。
五 元軍二次東征——日本真的打勝了（4）
東路軍沒有再等待江南軍的到來，而是先繞過對馬和壹岐，於6月6日南下進攻博多灣。
由於鎌倉幕府早在首次遭受蒙古來襲之後，就在博多沿岸構築了石堤等防禦工事，而且有四萬日本武士嚴加守衛，元軍很難找到合適的登陸地點，於是轉而進軍守備相對薄弱的志賀島。
志賀島地形狹窄，使得元朝大軍團難以發揮優勢，反而使得日本武士單兵作戰習慣的優勢得以發揮。元軍在志賀這個小島沒有取得任何實質性進展。
當天夜裡，日軍藉助夜色對停泊在志賀島沿海的元軍船隻發起襲擾，且偷襲成功，焚船而逃。
元軍自此加強了戒備。
日方的偷襲不但不能奏效，反而導致本國武士死傷慘重，隨即下令停止夜襲。但是像伊豫國御家人河野通有這樣的頑強武士仍舊堅持連續襲擾元軍。
6月7日黃昏時分，河野通有帶著兩艘小船對元軍船隻發起自殺式突襲。偷襲行動被元艦發現之後，一時間矢石如雨，河野通有五名部下立時橫屍船頭，其伯父也在隨後的戰鬥中負箭身亡，河野通有本人則被石弩擊中。
接下來的幾天裡，元日兩軍繼續發揮各自己的優勢進行對壘。面對大軍壓境，日軍不能將元軍逐出志賀島及其附近海域，但是元軍也未能成功突破日軍防線，登陸該島。雙方陷入了膠著狀態。