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時間
現在，我們暫時坐下來，客觀地來作一番思考。“非洲創世紀”的證據是客觀存在的：我們在非洲發現的進化“缺環”，要麼是獨一無二的，要麼是首次發現，包括從500萬年前的猿人到拉密達猿人的完整的進化鏈條。但從這些證據中是否足以推斷出非洲是人類的搖籃？應該說證據是充分的，但是化石有時會有誤導性。我們可以想象一下，在法國的西南部發現了一塊儲存完好、距今4萬年的尼安德特人的骨骼，在非洲發現了一塊距今200萬年的“非洲南猿”骨骼，兩塊化石相隔幾百萬年、幾千裡，哪一塊更有可能是現代歐洲人的直系祖先？答案極其古怪，因為它和表面給出的暗示完全相悖。在後面我們將要討論到這一點，幾乎可以肯定地說，現代歐洲人不是尼安德特人的後代。完全出乎人的意料，“非洲南猿”更有可能是歐洲人的直系祖先。石頭和骨骼只會告訴我們歷史知識，只有基因能說出我們的譜系。
因此，上面那個200萬年對20萬年的問題，答案是：儘管與我們十分相似，曾經生活在地球上的“直立人”沒有進化為“智人”。庫恩錯了，而且線粒體的資料表明，現代人較晚才在非洲開始進化，之後分散遷徙到世界各地，在他們遷徙的過程中，他們取代了他們的原始人表親。這是一個殘酷的事實：只有“適者”的基因組得以流傳。因此，很不幸，“直立人”已經滅絕了。
在後面我們將要談到，其他的基因資料進一步肯定了線粒體基因研究中得出的結論：人類家族之樹的根或者說距離我們最近的共同祖先在非洲。所有的基因資料顯示，非洲人基因多型性的數量最多，也就是說，其基因變異的數量，比其他任何一個大陸上的都要多。如果你要尋根，在一個非洲的村莊裡，你最有可能找到你的遙遠祖先的遺蹟，在那裡的可能性比在其他任何地方都要大。人類多數的基因多型性只存在於非洲人的基因裡，而歐洲人、亞洲人和美洲土著人的基因中攜帶的少量特殊多型性，在任何一個非洲的村莊裡都能找到。
為什麼一個人群的多型性越多，這個人群的歷史就越長呢？回想一下我們前邊講到的那個例子，為什麼在普羅旺斯村莊裡濃味魚肉湯的配方會變化呢？因為在每一代，得到配方的女兒都會依照自己的口味對配方做一些變動。這樣，隨著時間的流逝，這些小的變化便會累積成一個特別的多型性，如此類推，時間越長，產生的多型性就越多，彷彿一隻鐘錶，這些指標滴答旋轉著，旋轉的時間越久，我們得到的不同組合越多。同樣，艾米爾·朱克坎德對蛋白質的研究中也出現了同樣的現象：長時間等於多變化。因此，如果一個人群的基因多型性多於其他的人群，我們就可以推斷這個人群更古老，這就是為什麼我們說，人類的起源在非洲。
但是，如果我們接受人類的家族之樹根系於非洲這種說法，這是否意味著庫恩是對的？非洲人真的被禁錮在了進化的監獄裡而停滯不前？當然不是，無論非洲內外，人類家族之樹上的每一個分枝，都以同樣的速率變化著，在每一塊大陸上形成了不同的譜系。既然推測出人類具有一個單獨的共同祖先，那麼便可以確定其所有的後代譜系都以同樣的速率持續進化，因此所有譜系的“年齡”都是相同的。從夏娃的線粒體DNA到我的線粒體DNA，這之間流逝而去的時間，與從她的到非洲放牛人的、泰國船工的、巴西雅諾馬米獵人的完全一樣。我們每個人，都是15萬年前生活在非洲的那個祖先的後裔。
現在的問題是，我們要找到“夏娃”曾經居住的地方，那座“伊甸園”在非洲的何處？這實際上是一個有迷惑性的問題，因為我們知道在那個時間，有許多女人在非洲生活。稍微轉換一下角度，我們可以這樣問：非洲哪個人群的基因最清晰地保留著我們祖先的足跡？儘管沒有對每