於提出將它歸於自家領土之內，人家作為首領的火之國木葉村都沒有發話呢！而當時木葉第七代火影金色奇蹟出於某種考慮，也沒有同意火之國大名欲將雨忍村納入本國版圖的意願。也算是為當時不知所蹤的第六代火影儲存下他摯友和妻子曾經的奮鬥之地作為一種紀念吧。所以，雨忍村的廢墟作為一種紀念碑保留了下來……
但是就在幾個月之前，突然有人出現在了那個雨忍村之中，並且，盜走了一樣東西！可以嚴重到令身為火影的木葉丸坐立不安的東西！曾經的曉組織二代首領，擁有傳說中六道仙人才有的輪迴眼的命運之子，長門的屍骨！
這件事情讓五大忍者國的首領都不由得心一顫，雖然不知道是什麼人，為了什麼而偷盜了當初被木葉第六代火影和其妻子親手埋葬在那邊的長門的屍體，但是大家不由得同時感到了那一股濃濃的不詳的預感！是曉的餘孽麼？還是什麼新生的組織？彷彿多事的風又再度吹起，世界又要再次變天的前兆？
而其中，最不安的要屬火影猿飛木葉丸。曾經因為不放心，而派遣蘭丸旗木斷刀三人前去雨忍村現場進行勘察，尋找那個偷盜者可能不小心遺留下的一絲絲能夠成為線索的東西！因為他們三人並不只是最得力的下屬，精英戰鬥忍者，在搜尋方面也是一等一的專家！先不說旗木家的忍犬和日向家的白眼，作為曾經被稱為白眼剋星的蘭丸所進階的血繼能力同樣也不可小覷。蘭丸的第一階能力為虛擬經絡，進階之後的他不僅僅能虛擬自己身上的物品，還能透過生物所留下的脈動，虛擬出曾經發生過的景象來！也是十分強大的能力，可謂是搜查科的神技啊！
當然，如此強大的能力也不可能沒有後遺症和限制性。首先，離事件發生時間不能太久，而且現場不能被破壞，尤其最重要的一點，必須有生物！比如樹木花草等。不然脈動消失或者淡化了，任憑蘭丸再厲害也沒法完全搜尋出來。而且在腦中模擬出所有景象這一點對精神損耗很大，所以使用之後，蘭丸起碼在一個小時之內無法戰鬥。所以，隊友們之間的掩護的就顯得極其重要了……
然而當時當長門屍骨被盜的訊息傳到木葉村，蘭丸他們趕到雨忍村時已經過了差不多整整一天的時間。所以憑著蘭丸的模擬能力，也僅僅只能看到一個模糊地影像！一個披著斗篷的銀髮男人，帶著一副小圓眼鏡，令人驚奇的是，他的下身卻似乎不是人類的下身，而是一種軟軟的東西吧。而與此同時，旗木斷刀和日向花火在忍犬的帶領下也發現了現場留下來的已經幹了的黏液的痕跡，似乎是某種爬行類動物留下的，比如說……蛇！
蛇……嗎？曾經在木葉史上就有這麼一個以身化蛇的天才，但同時也是差點讓整個木葉顛覆的男人。他叫做大蛇丸！但是這個男人已經被上任木葉警備隊隊長所斬殺，不可能是他的。而就在這時，作為火影的木葉丸卻突然想起了多年前被他們所忽略的一個人……大蛇丸的助手，同樣是邪惡的天才的人，藥師兜！
直至終結之戰結束，居然沒有人知道他最終的去向和下場，彷彿就這麼消失在了大家的視線之中。而當時的人們被曉覆滅的勝利的喜悅填滿了頭腦，也沒有人注意到這個“小角色”的去向……但是，就是這麼一個曾經被忽略的“小角色”，在多年之後卻突然再度冒了出來……而且，一出手就是這樣的大事！不由得讓人坐立不安起來。莫非這一次的事件，他才是幕後的策劃者嗎？而他的目的又是什麼呢？
木葉丸不知道，他只能盡到一個火影的責任，為自己的村子，自己的人民，做好萬全的準備。
“所以這次的事件，我們只能選擇�