有人發現這一論斷是錯誤的。根據當時的目擊者證詞以及一些影像資料來看，子彈並不是從一個方向發出的，特別是第一顆子彈就不是從倉庫六樓而是從高架橋旁邊的空地上發出的。還有一些目擊者稱，在高架橋旁邊的空地上曾經停放過幾輛汽車，但是在案發之後又很快消失了，這不能不令人心生疑竇。這些質疑聲讓沃倫委員會難以下臺，可是這還只是個開始。
關於調查報告的懷疑層出不窮，而且針對性也越來越強。有些聲音認為奧斯瓦爾德不過是個盾牌罷了，是用來吸引政府火力的，真正的兇手正在逍遙法外。
還有一個重要的證據可以利用，那就是亞伯拉罕·扎普魯德拍攝的珍貴影片。這段資料不僅為歷史留下一個證明，而且也為偵破案件留下一些線索。從畫面上判斷，總統肯尼迪和州長康納利似乎不是被同一個方向飛來的子彈擊倒的。先倒下的是總統，緊接著就是州長，中間間隔的時間非常短，以至於讓沃倫委員會認為他們是被同一顆子彈擊倒的。這個錯覺導致了一個錯誤的判斷，後來連他們也覺得自己太過武斷和草率了。
不久後，聯邦調查局又有了一個新的發現：那支被認定是兇器的來自義大利的步槍並不具備這樣距離射擊的優勢。換句話說，憑藉這樣一支效能落後的步槍是不可能完成刺殺任務的，它的射程和精準度都不足以支援這樣的任務。
顯然，沃倫委員會之前所作的報告有失公正，而且也不太敬業。所有新的證據和發現都指向了一個無底深淵，關於真正凶手的線索中斷了。人們從失去總統的悲痛中走向了另一種焦慮——對案件毫無頭緒的焦慮。既然奧斯瓦爾德不是元兇，那麼真正的兇手到底是誰？奧斯瓦爾德又是什麼人，他在這場殺人遊戲中扮演了怎樣的角色？
人們懷疑得更多了，那麼從前關於奧斯瓦爾德的背景資料有可能也是錯誤的。關於奧斯瓦爾德的出生背景，基本上沒有什麼出入，但是，有一些很重要的事實並沒有調查清楚，例如奧斯瓦爾德曾經是個能力突出的特工人員，他同時為中央情報局和聯邦調查局工作。
20世紀50年代，美蘇冷戰開始時的奧斯瓦爾德還是海軍陸戰隊中的一員，他的各項技能都有不錯的成績。當時，中央情報局動用了U…2偵察機對蘇聯進行高空偵探，這需要一批訓練有素而且反應靈敏的地面人員來進行配合。於是，中央情報局選擇了在海軍陸戰隊中找一批這樣的人。毫無疑問，成績出色的奧斯瓦爾德被選中，成為打入蘇聯的一名特工。作為一名特工人員，奧斯瓦爾德在海軍陸戰隊及後來在蘇聯時所刻意表現出來的另類的信仰，不過都是他的偽裝，而他也表演得十分出色。他完成任務回到美國後，表面上是在一家複製檔案地圖的培訓班裡上課，但這家培訓班幕後的老大也正是中情局。1962年6月，聯邦調查局的兩位特工也找到了奧斯瓦爾德，顯然是他出色的工作能力引起了他們的注意。這兩位特工是來挖中情局牆角的，他們希望奧斯瓦爾德能參加他們的工作，打進斯拉夫移民組織獲取情報。
肯尼迪：震動世界的刺殺迷案（8）
1962年7月，古巴導彈危機爆發。奧斯瓦爾德臨危受命，喬裝成一位對古巴共產黨熱愛到瘋狂的年輕人，試圖混進“爭取公平對待古巴委員會”。他在新奧爾良的大街小巷上為共產黨做宣傳，就是想讓委員會知道自己的存在。
這個時候的奧斯瓦爾德所表現出對蘇聯和古巴的狂熱崇拜都不過是在演戲而已，他對共產黨的熱烈信仰不過是在執行國家交給他的任務罷了。他名義上對卡斯特羅忠心耿耿，背後卻在賣力反對他。
到現在，這件案子似乎更加撲朔迷離。如果把奧斯