出了些許代價。正是由於這個緣故，元軍雖然在白天進行陸上作戰，但到夜間就一定撤回海上。
元軍方面，受傷的左副帥劉復亨被親兵先行護衛上船。元軍統帥忻都召集其餘將領商討第二天的軍事部署。經過一天的對戰，元軍也死傷不少，可謂兵疲矢盡——《元史？日本傳》記載“官軍不整，又矢盡”，並且重要將領受傷，日本的有效防衛力量數倍於元軍，這些不能不對不善跨海作戰的元軍統帥忻都產生負面影響。
高麗將領金方慶頭腦冷靜，他認為只要堅持苦戰，便能攻克太宰府，以便保住戰果等待援軍再從長計議。如果元軍能夠順利班師回國，這次遠征無論如何不能算作失敗。
關於第一批元軍東征最終“失敗”的原因，在日本方面的戰史資料如《蒙古襲來繪詞》、《八幡愚童訓》中沒有說明，中國《元史》對這第一次遠征日本的記述也極為簡短，僅有“冬十月，入其國，敗之。而官軍不整，又矢盡，惟擄掠四境而歸……”
《高麗史》提到了“會夜大風雨，戰艦觸嚴崖，多敗……軍不還者，無慮一萬三千五百餘人”。
日本某朝廷公卿在其私人日記也提到了元軍船隻被海風“吹歸本國”。
另外在日本其他人的奏狀中也有“神風狂吹，敵兵失命”的記載。
根據這類說法，可以做出這樣的推測，即就在元軍決議班師回國的這天晚上，博多灣出現了颱風。
日本群島四面環海，除東北部沿海外，均被來自熱帶太平洋的暖流所環繞，在每年8、9、10月間，日本西部和南部常遭颱風襲擊；博多灣恰好位於颱風的襲擊區內，也就是說，就在元軍滯留博多灣的最後一天夜裡，颱風也恰好趕到了。
日本著名歷史學家井上靖贊同這一說法：“公元1274年10月初，以船艦九百艘、士兵三萬三千人佔領了對馬、壹岐兩島……繼而侵入肥前松浦郡……使日軍處於不利，不得不暫時退卻到大宰府附近……元軍雖然趕走了日軍，但不在陸地宿營，夜間仍回船艦。當元軍回到船艦後，恰遇當夜有暴風雨，元艦沉沒二百餘艘，所餘元軍撤退，日本才免於難。”
美國蒙古史學者羅莎比的意見與井上靖相似，他寫道：“儘管日本人得知蒙古軍隊已經出發，但他們的準備仍不完備……他們的武器也無法與蒙古人的長距離武器相匹敵，他們的指揮官也不如久經戰場考驗的蒙古軍隊領袖那樣有經驗，但他們擅長於面對面的搏鬥……儘管他們在前幾夜的戰鬥中失利，但突然降臨的暴風雨使蒙古軍隊和船艦在退往曠海中時損害慘重，他們不得不無功撤退。”
四 元軍首次東征——日本勝得莫名其妙（4）
另外，在日本江戶時代的《西大寺敕諡行正菩薩（睿尊）行實年譜》中有這樣的記載：“文永十一年十一月五日亥刻，猛風頻吹，元之大船百餘艘沉入海中之訊息自西國傳來”，
這一史料的推測是，海風事件是發生在元軍撤退途中，而不是撤退之前。
已故日本著名史學家網野善彥做出了這樣的推測：當夜確實出現颱風，但並不是能夠傾覆元朝遠征艦隊的海上颶風，但風雨動搖了勞累不堪的遠征軍將士的意志。
元軍第一次征伐日本就此宣告結束。據統計，折損士兵近萬人。
第二天早上晨光初露，枕戈待戰的日軍在太宰府水城列陣，但久等不見元軍來攻，派出的偵察人員回來告訴日軍將領，博多海面已無元軍船隻。
武士們幾乎不敢相信自己已經勝利了。
日本內地的幕府和朝廷更不可能知道這一點。他們只知道元軍已經攻陷了對馬，京都籠罩在緊張惶恐的氣氛中。甚至流傳著九州已經失陷的流言。
差不多一週之後，京都方面才傳來元軍登陸博多的訊息。