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自此，董卓便有恃無恐，為所欲為。首先他迫使朝廷免除司空劉弘的職務，自己取而代之。接著，董卓廢掉少帝，將他貶為弘農王；另立陳留王劉協，即為漢獻帝。時任尚書的盧植曾當面提出反對意見。董卓立即命令士兵將他推出斬首。幸虧侍中蔡邕極力勸阻，盧植才免於一死。
廢立皇帝之後，董卓又對何太后看不順眼，認為她妨礙自己在朝廷的自由行動。於是，董卓又大會群臣，數落太后所謂的罪行，說她曾經逼迫婆母永樂皇太后，致其憂慮而死。這種不講節孝的做法，應當受到嚴處。之後，董卓便責令何太后遷居永安宮。不久，董卓又藉故殺死少帝劉辯，並毒死了何太后。
透過對中央政權最高階層的更換和打壓，整個東漢朝廷幾乎完全受制於董卓。皇帝的廢立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓說了算。
改立獻帝之後，董卓將自己升遷為太尉，成為三公之一，掌管全**事和前將軍事務。後來又自封郡侯，拜國相，躍居三公之首，掌宰相權。董卓雖然名為“一人之下，萬人之上”的國相，但實際上卻遠遠超越皇帝，享有“贊拜不名、入朝不趨、劍履上殿”等特權。
一人得道，雞犬升天。自己加官進爵後，董卓還利用自己手中的特權，大肆加封董氏家族成員。他首先封自己的母親為池陽君，越禮配備家令和家臣，地位與皇家公主相當。同時，董卓又拜弟弟董曼為左將軍，封雩侯，另外還封自己年幼的孫女為謂陽君。更有甚者，“卓侍妾懷抱中子，皆封侯，弄以金紫”。此時，野心極度膨脹的董卓，已經目空一切。
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初到洛陽時，董卓手下雖然也集結了一批心腹親信，但是，要在龐大的中央官僚體系中縱橫捭闔，單靠這些人是遠遠不夠的。況且當時朝中許多有一定勢力和影響的官僚，根本就不服董卓。對此，董卓在玩弄權術的過程中，暗中培養爪牙，廣泛收羅親信，用拉攏、****、排擠等手段打擊和陷害一切於己不利的勢力和集團。封郡侯後，董卓極力拉攏司徒黃琬，司空楊彪。三人在朝中拉幫結派，沆瀣一氣，抬舉和扶植已被貶斥的陳蕃、竇武等人。董卓不光全部恢復陳蕃等人以前的爵位，還擢升他們的子孫，以使他們世世代代為己所用。
董卓利用手中特權，重新提升和任用大批黨人，如吏部尚書周鉍、侍中伍瓊、尚書鄭公業、長史何顬、司空伍處士等。不僅如此，只要是與以上人員有關的黨錮之徒，董卓都把他們拔為列卿，一時之間，“幽滯之士，多所顯拔”。當朝家蔡邕也曾被董卓拉攏和徵召。蔡邕不想再涉足政治，婉言拒絕。董卓便威脅蔡邕：“如不聽命，我將誅殺你們全族。”蔡邕恐懼，只好回到洛陽。董卓大喜，任命他為祭酒，十分敬重蔡邕，三天之內，歷遍“三臺”，官至宮廷隨從官。
董卓除了在中央各部佈置親己勢力外，還透過任命太守、刺史等手段安插地方爪牙。這樣，董卓透過層層安置耳目，基本上已經控制了中央和地方的主要政治力量，只要是不滿他的官員稍有動作，他便毫不留情地予以徹底剷除，殺雞駭猴，威懾朝野。
衛尉張溫曾擔任太尉，素來對董卓飛揚跋扈、野蠻殘忍的行為極為不滿。董卓也視張溫為眼中釘，為了除掉這一心頭大患，董卓便在朝中散佈謠言，誣衊張溫與袁術長期勾結，對抗朝廷。不久，便以“莫須有”的罪名，笞殺張溫。在董卓的淫威逼迫和陰謀陷害下，他的競爭對手和朝中許多忠義之臣，不是被逼迫出逃，就是被剷除消滅。
貪慾驅使下的董卓，野心幾度膨脹。為了滿足自己的野心，他恣意玩弄權術，濫殺無辜，引起廣大官員和百姓的強烈憤慨和反對。
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董卓率軍初進洛陽時，見城中富足貴族府第連綿，家家殷實，金帛