後世裡最有名的東印度公司有兩家，英國（大不列顛）東印度公司與荷蘭（聯合）東印度公司。兩家成立的年代前後腳，英國東印度公司稍早，成立於1600年。荷蘭東印度公司稍晚，成立於1602年。
目的也差不多，最初都是為了開闢海上貿易航線，佔據更多的香料產地，獲得更多利潤。但在組織結構和運作方面，雖然都有各自國家政府的授權與參股，卻有著明顯的差異。
英國東印度公司更像是後世的上市公司，股東每投入500英鎊就獲得一票投票權。每年4月公司召開股東大會，投票選舉24名董事組成董事會，由董事會選出總裁和副總裁。
荷蘭東印度公司則是個純粹的非上市私營公司，不發行股票也沒有固定的總部。它由阿姆斯特丹、澤蘭、霍倫、恩克赫伊曾、代爾夫特和鹿特丹六座城市裡的商會聯合組成，各地商會自行選派董事管理公司，共計60名。
這些董事是終身制的，阿姆斯特丹20個名額、澤蘭12個、其它四座城市各7個。在日常經營活動中，再從這60名董事中選擇17名組成董事會進行具體決策，稱為17人會議，董事會每年不定期召開。
而六座城市的商會就是公司的六個分部，由各自分部的董事負責，只有設在海牙的通訊事務局是由17人會議直接領導的。
在1610年，荷蘭東印度公司又增加了印度事務局和委員會，總部設立在雅加達，後來改名為巴達維亞。印度事務局與之前的六個分部是平級，直接聽命於17人會議。
萬一公司出現了虧損，就要從60名董事的出資中扣除，扣完為止。每位董事最少出資6000荷蘭盾，荷蘭政府透過授權入股，摺合荷蘭盾。
授權總共有五項內容：第一、可以發動對其它國家的戰爭；第二、可以抓捕拘禁審判犯人；第三、可以代表荷蘭政府與其它國家政府進行談判；第四、貨幣發行權；第五、建立殖民地和軍事要塞並擁有武裝。
由此看來，科恩在亞洲基本就等於東印度公司和荷蘭政府的代理人，既可以發動戰爭又能建立殖民地、設立法庭、組建軍隊，除了每年要給17人會議交幾份報告之外，獨斷專行的權力極大。
但本想用手中權力大幹一番的科恩近來有些麻煩，煩惱來自北方的大明。荷蘭東印度公司和聯省共和國的敵人，西班牙王國的殖民地菲律賓，突然間被大明皇帝派遣海軍攻佔。
隨著時間的推移，有關馬尼拉戰役的細節慢慢從來巴達維亞貿易的葡萄牙海商和華商口中彙集得越來越多，逐漸勾勒出了一副比較清晰的畫面。
可是畫面越清晰、事實越篤定，科恩的心就越煩躁。西班牙總督及其軍隊不是大意失荊州，而是被大明海軍正面擊敗，用時只有一個晚上。
對於遠道而來的殖民者來講，最不願意看到的就是殖民地周邊出現了軍事強國。更可怕的是，這個國家也在向外擴張。
從大明海軍在馬尼拉戰役之後的舉動上就能得出結論，他們不僅僅要為被西班牙總督殺害的華商們報仇，還打算把整個呂宋島甚至菲律賓群島都佔為己有。
如果真的是這樣，那印度分部在香料群島的殖民地、據點和商館很可能就是下一個被攻擊的目標。即便印度分部的船隻數量、駐紮兵力都要比西班牙人多，也無法確定就一定能戰勝大明海軍。
在該打還是該和的問題上科恩不管多麼想挑戰一下大明海軍，徹底消除公司在東印度群島附近的最大威脅，也只能選擇後者。
公司的宗旨是商業利潤，設立殖民地建立軍隊只是為了確保商業航線和貨物產地不被競爭對手搶佔。
與過於強大的國家發生戰爭，即便最終能獲勝，付出的時間與代價也是董事們無法承受的，肯定也不會被1