沙尼和巴布林在布哈拉以北的加賈灣發生的一場大戰中與他們交鋒，這次被他們打敗了納吉姆被殺。巴布林放棄了對河中的所有企圖，退回到他的喀布林王國，七年以後，他從喀布林出發，前往征服印度。於是，布哈拉、撒麻耳乾和整個河中地區又轉到蒙古烏茲別克人手中。 黑衣聖教巴布林，阿克巴，沙賈汗，奧朗則布等巴布林因病去世後，其子胡馬雍繼承皇位。企圖以察合臺的突厥人、蒙古人、波斯人、阿富汗人和印度人組成的混合軍隊，征服全印度，以實現父親的遺願。其三位異母兄弟卡姆蘭、欣達勒和阿斯卡里出兵攻擊他，與他爭奪王位。分散在各地的許多阿富汗貴族紛紛起兵反叛。黑羊元年，起兵謀反的東部阿富汗王公舍爾沙，在喬沙戰役中胡馬雍全軍覆沒，本人逃走。舍爾沙佔領德里，建立了蘇爾王朝。不但把領土擴充套件到孟加拉、比哈爾和馬拉佤邦，而且在政治、社會和經濟上多有建樹。他實行開明政治，對印度教採取寬容政策;它建立了有效力的君主集權制，執法公正;他改革稅制，計田優劣徵收，發行銀盧比;興修道路，設立驛站，聯絡首都阿拉格與孟加拉、拉齊普坦等地的"大幹道"至今仍是印度的主要幹道之一。他的田賦改革是以後阿克巴改革的藍本。阿克巴去世後，莫臥兒帝國先後由賈漢吉爾和沙賈汗統治。賈汗吉國王時期，錫克教第五代祖師阿爾瓊把教區改為行政機構，向信徒徵收賦稅。這一舉動在莫臥兒帝國內引起震動，它顯然具有分庭抗禮的意味。阿爾瓊還在阿姆利則建立金店，作為錫克教聖地和行政管理中心。錫克教聖典《阿底格蘭特也成書於這個時期。錫克教過去一直標榜為和平靜修的團體，祖師只關心傳教，從不干預政治。阿爾瓊卻
捲入了莫臥兒皇室的紛爭，庇護叛亂的王子，從而遭到賈汗吉國王的嫉恨，薩嬗年引來殺身之禍。以此為發端，錫克教和平發展時期結束。
薩嬗元年，沙賈汗擊敗併兼並了艾哈邁德訥格爾王國。然而，這次勝利卻激起幾股力量的反抗，這些力量將加速莫臥兒帝國的滅亡。沙賈汗重新佔領坎大哈，但於薩嬗年再次失去了它。在一次徒勞無功的攻佔撒馬爾罕的嘗試中，他損失了5,000人。他只在南方取得了勝利，在那裡，他首先追擊一位因被懷疑叛國而於黑羊初年逃到艾哈邁德訥格爾王國的將軍。沙賈汗在布林漢布林指揮軍事行動。
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薩嬗元年，沙賈汗病重，他的四個兒子開始爭奪皇位。沙賈汗寵愛他的長子達拉?什克，但他的第三子奧朗則布在諸王子中最有能力，他和達拉?什克特別仇視對方。沙賈汗恢復了健康，但那時他的兒子們之間的衝突已經到了沒有回頭路的地步，因此他無法阻止家族內部的戰爭。薩嬗初年，奧朗則布獲勝，廢黜了他的父親。
莫臥兒王朝中期，莫臥兒帝國處在黃金時代。印度人本是傑出的建築師，皇帝沙賈汗時期，印度建成了德里的紅堡等許多著名建築。在這眾多的名勝古蹟中，最著名的是沙賈汗為其死去的寵妃建造的禮物阿格拉市的泰姬陵。
奧朗則布是莫臥兒帝國最重要但也最具爭議的皇帝。他放棄了莫臥兒帝國初期尤其是阿克巴時代的宗教寬容政策，加強伊斯蘭教的宗教地位，企圖使印度完全伊斯蘭化。奧朗則布恢復對非穆斯林徵收人頭稅，將印度教徒逐出政府，並大舉拆毀印度教廟宇與神像。這些短視的政策導致帝國境內的非穆斯林與政府的矛盾突然尖銳起來，並很快演變成武裝鬥爭。堅持自己信仰的錫克教徒和拉其普特人成為莫臥兒帝國公開的敵人;奧朗則布雖然多次打敗他們，卻無法徹底消滅其反抗力量。最危險的國內敵人是新興的馬拉塔人國家，它後來發展出可與莫臥兒帝國匹敵的軍事能力。