輪飛騎，他們的目的地是遼東和北京。
朝鮮王室的臨戰脫逃，給國家帶來滅頂之災，當他們還在北撤的路上驚魂不定時，小西行長和加藤清正所率日軍一路未遭有效抵抗，先後於5月2日、3日進入京城。7日，黑田長政所部也進入京城。防守漢江和京城的文臣武將在日軍的進逼下紛紛潰逃，京城守備主將竟把兵械沉入漢江。日軍在王京再次劫掠，兩百多位來不及逃亡的朝鮮大小官員以及兩名朝鮮王子被加藤清正所俘虜。
三 日軍攻陷朝鮮“三都”（3）
該時距日軍第一軍團登陸釜山僅僅二十餘天。
5月8日，朝鮮王室倉皇出奔至平壤。
5月中下旬，多部日軍先後兵至臨津江，並於月底發動渡江戰役。臨津江之戰是朝鮮軍隊同日軍進行的規模最大的一次戰事。日本方面將入朝兵力全數投入，戰場統帥為總指揮宇喜多秀家，其他將領有小西行長、加藤清正、黑田長政等人。朝鮮透過臨時徵召以及既有的政府軍，拼湊出近十八萬軍力，主將為朝鮮都體察使柳成龍和備邊使李諡。
臨津江一戰，日軍以大軍團、強火力分割進攻朝鮮軍，朝方大敗。
但在日軍拿下王京向北部挺進之時，朝鮮水師名將李舜臣率領他的艦隊在5月7日成功偷襲停泊在玉浦港的日本艦隊主力。此一戰，朝鮮水軍焚燬日艦二十六艘，擊沉五艘。第二天再戰，又擊沉日軍大中戰艦十三艘，李舜臣的艦隊無一被擊沉。李舜臣的海上勝利，是日本入侵以來受到的最大失敗，但並未能遏制住陸上日軍的繼續推進。
5月27日日本陸軍聯合攻入開城。
6月1日，小西行長第一兵團向平壤開進。朝鮮王室狼狽出走平壤，再次北逃至中朝邊境的城鎮義州。
早在5月16日，豐臣秀吉就在日本名護屋得到日軍佔領朝鮮王京漢城的捷報，下令厚賞小西行長、加藤清正等人，並命令火速派遣勸誘使要求朝鮮王室投降。此時的豐臣秀吉已把朝鮮視為囊中之物，在他的頭腦中已開始籌備進軍大明的具體步驟。他要求小西行長迅速探明通往明朝的道路並繪製詳細作戰地圖。
兩天之後，為統籌後續攻勢，豐臣秀吉制定征服朝鮮及明朝的“二十五條計劃書”。
此後階段，日軍放棄一味的閃電強攻，而是輔以計策，佯裝敗退，誘使朝鮮軍隊走出防禦工事，然後日本迅速掉頭反攻將之擊敗。據守大同江的朝鮮軍隊，竟然坐視日軍安然過江，未發一矢。
經過短短的兩個月零兩天，日軍即佔領朝鮮三座最大城市漢城、開城、平壤，並且俘虜兩名朝鮮王子，以至於朝鮮政府僅能對平安道以靠近中國東北的義州一帶下達命令，兩地成為戰時“孤島”。日本傾全國之力在短時間內控制朝鮮的軍事意圖得到初步實現。
6月3日，豐臣秀吉下達了進攻明朝的軍令。隨著日軍在朝作戰的節節勝利，豐臣秀吉已經狂妄到了極點，還準備立即親征朝鮮。在德川家康與前田利家等人的力阻下，加之朝鮮水軍節度使李舜臣擊敗日本海軍，豐臣秀吉暫時作罷，並進行新的戰略部署，命令八位將軍分領朝鮮八道，加緊搜刮朝鮮土著居民，“以戰養戰”推動戰果。
入侵朝鮮的日軍將領們更被眼前的勝利衝昏頭腦，鍋島直茂提出請求，要豐臣秀吉給他一部分明朝土地作為封地。戰國名將伊達政宗雖然身在日本國內，也寫下了這樣的狂言：“何知今歲棹滄海，高麗大明屬掌中。”
日本佔領軍已經著手在佔領地展開“日化”工作。朝鮮兒童被強制教授日語，無論年女老幼都被迫按照日本方式改名、易服、剃髮。這一點與三百年後日本明治政府在朝鮮、臺灣等佔領地所推行的“亡國”政策如出一轍。
事實上，由於朝鮮軍隊的潰敗、朝鮮王室流亡邊境、日軍