遭黜削而能盡忠，仁願秉節制而能推賢，皆可謂君子矣。”
此後，百濟舊地即大唐熊津都督府進入休養生息階段。
劉仁軌已六十三歲，他在熊津都督任上盡心盡力，走下戰馬的將軍致力於將百濟舊地經營為大唐的一片沃土。
他下令軍民收斂骸骨，並由官方出面公開祭祀所有亡靈；並制定詳細計劃“修錄戶口”、“整理村落”，使普通百姓具有基本的安居之所；他還一改百濟原有的方、郡、縣行政體制，重新編為府、州、縣，與大唐內地行政序列保持一致性，“署置官長”，在各級行政體制的位置上，有百濟人也有漢人。更有諸如“開通途路，建立橋樑”、“補葺堤堰，修復陂塘”、“勸課耕種，賑貸貧乏”等具體的戰後重建措施。而“立唐社稷”、頒示正朔是最具有象徵意義的措施。供奉大唐社稷，則意味著遵大唐正朔，這充分說明此時大唐對百濟舊地所進行的管轄是直屬性的，已經不同於羈縻州序列。
劉仁軌的努力效果明顯，短短几年之內，“百濟大悅，闔境各安其業。”其戰後重建工作得到唐朝中央政府的支援，大唐高宗也已經意識到，在半島之上對新羅不能過度依賴。
九 日本人的憂慮
日本艦隊全軍覆沒、唐軍展示出來的強大的綜合實力使日本認識到與唐帝國的巨大差距。日本立即進行本土防禦準備，大規模構築沿海防禦工事，在對馬島、壹岐島、筑紫國等地佈置防務、設烽火臺，又在筑紫修築水城，嚴陣以待，以備唐軍乘勝進攻日本本土。
這次戰爭對大和朝廷上下震動極大，作為一場涉外戰爭，白江口之戰對日本的震懾僅次於二戰後日本對於美國人的恐懼。
白江口之戰結束半年之後，有一批從大唐熊津州出發的使者來到日本對馬島，使團的人數有百餘人。這也是大唐與倭國在半島交鋒後第一次向倭國派出使者。
以天智天皇和大臣中臣鐮足為首的大和朝廷，面對唐朝使團一籌莫展，只是下令拖延接見，隨後又做了謹慎的接待工作：一方面拒絕唐使進入日本內地，另一方面派出五年前的遣唐使副使津守吉祥連參與接見。
這支使團的背後是主持百濟事務的劉仁軌，目的在於掌握日本軍事動向。
日本方面謹慎的原因在於，劉仁軌將軍是大唐中央政府在地方上的軍政首腦，他所派出的使團就只能代表百濟地方，如果日本接受了這種外交模式，就等於認同本國與大唐熊津都督府處於同一個外交等級之上，從而就失去了直接與大唐中央政府對話的資格。這無疑將對剛剛承受戰爭失敗的大和政權造成壓力。
實際上這批唐朝使團的來訪還有一個重要的目的，就是安撫和警示日本。此時熊津都督府正在主持百濟舊地的戰後重建工作。恢復並進一步提升百濟地方的經濟實力，不僅可以使地方安定，還可以為接下來的征討高句麗事務提供安全有效的側翼保證。
日本方面所擔心的是遭到大唐遠征的心理在這個時候瀰漫全國上下，如果日本戰略判斷失誤，做出非理智的外交對策，將會對唐朝的東北事務造成不必要的壓力。對日本進行外交安撫和警示，目的在於在半島外圍創造出基本安全的外部空間，此舉具有很高的國際戰略價值。
但是日本所進行的應對工作也表明，該國的外交工作也漸漸圓熟起來，一方面他們堅持不以朝廷名義與使團接觸，另一方面又讓地方官僚出面，保留了與唐朝進一步溝通的渠道。只從這一點來說，中大兄王子和中臣鐮足已經表現出了7世紀優秀政治家的風範。
公元666年冬，唐高宗任命名將李勣為遼東道行軍大總管兼安撫大使，統率數道唐軍出擊高句麗。加上高句麗此時出現內訌，所以面對唐軍的進攻，高句麗軍隊節節敗退。
公元668年（唐總章元