秦檜獨相時期是宋朝歷史上令人窒息的黑暗年代。紹興二十年正月，殿前司武官施全在秦檜上朝途中謀刺未遂，被捕後秦檜親自審問，施全大義凜然答道：&ldo;全天下都要去殺金人，只有你不肯殺金人，我就要殺你！&rdo;他最後雖在臨安鬧市被磔殺，但他的壯舉大塊民心，民間傳說他是嶽飛&ldo;舊卒&rdo;。刺秦案以後，秦檜心驚膽裂，出門便以五十武士執長梃護衛。
對秦檜擅權專政，高宗是瞭然於胸的，但一方面為維持對金和議，他與秦檜必須狼狽為奸，另一方面金朝規定不能任意罷免首相，他對秦檜尾大不掉之勢也無可奈何。因而高宗對秦檜是既勾結利用，又疑忌猜防。
高宗不僅對秦檜任用親黨採取眼開眼閉的態度，還在紹興十五年特賜望仙橋甲第一區，次年特許他在府第之東營建家廟，讓他享受罕見的禮遇。為滿足秦檜的貪慾，高宗將劉光世在建康的第宅園林轉到秦檜的名下，還把面積千餘頃、年租三萬石的永豐圩賜給秦檜。但另一方面，高宗對秦檜又時刻提防著，據其後來自稱，他每次接見秦檜，膝褲裡總藏著匕首，以防不測。
高宗對秦檜隱忍的同時，也會在適當時機以適當方式表達君威莫測。紹興二十四年省試，經秦檜授意，已定其長孫秦塤第一，其門客曹冠第二，張孝祥第三。誰知殿試時，高宗打破慣例，稱讚張孝祥&ldo;議論確正，詞翰爽美&rdo;，親擢為第一，把秦塤降為第三。高宗此舉，意在向專橫跋扈的秦檜表明：皇權仍是不可侵犯的。
秦檜則預感到自己的權位受到了挑釁，在他看來，張孝祥之父張祁與胡寅為知交，而胡寅這時正以譏訕朝政安置新州，這表明這些政敵即便遠斥，仍能使故人之子中狀元，更有必要實施毀滅性的打擊。
紹興二十五年，秦檜捏造了一起&ldo;謀大逆&rdo;的大案。八月，他指使臺諫誣稱故相趙鼎之子趙汾必有&ldo;奸謀密計&rdo;，將其逮捕入獄，嚴刑逼供，勒令他承認與胡寅、李光等&ldo;謀大逆&rdo;，以張浚為&ldo;謀主&rdo;，涉案五十三人，都是秦檜視為眼中釘的&ldo;一時賢士&rdo;。獄成以後，大理寺請秦檜籤押，他已病重的不能署名，這一大案才不了了之。
紹興二十五年十月，秦檜知道來日無多，加緊策劃讓其子秦熺繼承相位。秦熺是秦檜妻兄王喚的庶子，秦檜養為己子。紹興十二年，因秦檜的關係，成為科考榜眼，才六年就位至知樞密院事，時無右相，立班僅在秦檜之下。秦檜兩次上表請辭相位，高宗為了穩住秦檜父子，下詔不允。
十月二十一日，高宗親臨秦府探病，明表恩寵而暗探虛實，秦檜勉強朝服相見，高宗知道他將不久於人世。秦熺在一旁迫不及待的發問：&ldo;代居宰相者為誰？&rdo;高宗冷冷說：&ldo;此事卿不當與！&rdo;回宮當日，高宗就命起草秦檜父子致仕的制詞，而秦檜的親黨也正準備聯名上書，準備讓秦熺當宰相。次日，高宗宣佈秦檜進封建康郡王，秦熺升為少師同時致仕，秦檜之孫秦塤與秦堪一併免官。得知一門被罷，秦檜當夜一命嗚呼。
高宗的隱忍終於出頭了，他舒心地對楊存中說：我今日才不必在這膝褲裡藏上匕首。他&ldo;更化&rdo;的第一條措施就是親自任命臺諫，削弱秦檜勢力。湯鵬舉成為高宗最倚重的御史，此人原來追隨秦檜，因得罪了秦熺的妻兄曹泳，在秦檜死前數月被劃出了死黨的圈子。回朝以後，他在短短一年半里劾罷秦檜黨羽不下百人。
高宗&ldo;更化&rdo;的第二條措施就是改變獨相局面，相位暫時空缺。秦檜去世以後的半年多里，高宗沒有任命過新宰相，旨在結束相權陵忽君權的格局。他先後讓沈該、湯思退和万俟禼參知政事，他們