湯姆森認為，由於日本陸軍和海軍的協作關係不好，限制了細菌戰的研究和發展，不能在軍事用途上充分發揮日本的科學力量，妨礙了細菌武器的實用化。日本即使研製出了實用的細菌武器，由於害怕化學國家的報復，也不會使用它。據目前所知，日本不掌握美國細菌戰活動的情況。
在湯姆森的報告中，有些內容值得我們注意，即審問第731部隊負責人時，他們的口供是一致的。他們&ldo;提供的情報，其數量和內容都像是事先得到了指示&rdo;。事後根據原第731部隊的回憶，在後來召開的731戰友會&ldo;精魂會&rdo;上，北野政次原軍醫中將向老部下們透露，在美軍審訊開始之前，盟軍總司令部安排了一次石井與北野的秘密會晤，允許商量關於必須保密的事項的口徑。因此美軍的審訊只是走過場。
湯姆森報告之後，麥克阿瑟乃於1947年5月6日，以&ldo;c52423號電&rdo;請示陸軍部，其電文內容分為五點：1蘇聯曾交給美國一份俘虜審問調查書副本，其中被蘇聯所俘虜的前第731部隊重要成員川島清及柄澤十三夫，都在審問調查書中作了相當多的事實陳述。
2有三個日本人證實活人實驗一事，石井本人也對之加以預設，並承認至少實施了三次對中國的實戰試驗。此外，根據增田所提出的可靠情報來源指出，他們亦從事植物生物戰的研究，而且上司(大概是參謀本部)不但知道生物戰研究的計劃，並曾正式加以批准。
3迄今為止所得到的日本人供詞，都是利用日本人畏懼蘇聯的心理，不斷進行勸說而蒐集的。在蘇聯要求引渡的威脅下，日本人希望達到換取美國許諾免其戰爭罪責的願望，因此主動提供活人實驗的結果、毀滅穀物的研究、生物戰上重要的技術情報及大部分精密資料等。上述手法如從免除戰犯審判的觀點來看，也可用相當的手法從下級隊員那裡獲得這些資料。美國如果希望獲得更進一步的資料資料，須向這些日本人妥協，保證他們所提供的情報將被留在諜報系統，而不是作為戰犯的證據。如果美國答應以書面保證石井及其協助者免受戰犯罪責的起訴，即可獲得日軍陸軍高層內部的計劃和石井細菌戰的全部理論內容，而且也可使石井獲得從前部下的全力協助。
麥克阿瑟在電報中強調了石井部隊資料的重要性，希望華盛頓陸軍部能夠接受石井的要求。但是由於事關重大，陸軍部沒有馬上同意麥克阿瑟的建議。
1947年6月7日，麥克阿瑟的法務局局長再次給陸軍部發電，證實731細菌部隊確實存在，並且說蘇聯可能已經掌握了日本人從事細菌戰的部分證據，這些證據可能導致盟國在中國和亞洲等地進行調查，如果不儘快採取措施，則生物戰資料將有被公開的危險。
1947年7月1日，美國學者韋特等人給美國陸軍部和國務院寫了一份限閱報告，報告指出：目前日本人在中國進行細菌戰的證據只有一小部分被蘇聯掌握，如果石井等人被起訴，則所有秘密將公開給各國，因此韋特等建議從美國國防利益和國家安全的角度出發，應當避免公開審判。
第四章細菌戰要員大結局：第一節戰後日美交易與細菌戰犯的免責2 [本章字數：2916 最新更新時間：2009-07-10 16:15:580]
1947年9月，美國國務院、陸軍部、海軍部聯合會議委員以極密電的形式終於給麥克阿瑟作出了答覆，對如何處理石井四郎軍醫中將等731高階軍官，收集細菌戰資料，做了詳細的指示，其內容如下：1麥克阿瑟司令官不對石井及其他日本有關人員做任何承諾，繼續收集儘可能多的情報。
2由此得到的情報，事實上提供給情報系統。如果這種方法不能掩蓋事實真相，在東京國際軍事法庭查