自萬曆朝鮮之役後，中國就再也沒有過大規模遠端海路運兵的經驗。康熙年間施琅徵臺，要跨越的，是較窄的臺灣海峽，其難度和遠征日本是沒法比的。而且，近代軍隊的後勤保障。比施琅那個時代的軍隊要複雜得多。
這件事妥妥當當地辦下來，不但軒軍補上了一塊緊要的短板，整體作戰能力更上層樓；就整個中國而言，也可以算是在近代化的道路上，跨過了一道重要的溝坎。
是次徵日。將在上海建立後勤支援基地。各種軍需物資，主要由兩江負責。曾國藩辦糧臺，是可以放一百個心的，而且曾國藩很曉事，知道軒軍軍制與湘淮大不相同，也就會有不同的要求，因此已經向軒軍要求。提前派人入江寧兩江總督幕，“以備諮問”。
關卓凡曾經考慮過要不要藉著這次徵日，趁機把兩江總督這個位子拿過來。終於還是覺得火候不到，太急吼吼了，曾老頭的臉上實在不好看，最後做罷。
之所以將後勤支援基地放在上海。是因為上海到長崎的航程是最短、最便捷的。而這次徵日，中國軍隊的攻擊方向只有一個，無需分路出擊，所以，為方便後勤保障和統一排程。各部先彙集上海，然後從上海次第出發。
會議之後，軒軍兩個營的先遣部隊，立即先行赴日。長崎派駐一個營，任務是建立接應和中轉的基地；馬關海峽對面的小倉城派駐一個營，任務是建立登陸馬關的後勤基地。
上海基地、長崎基地、小倉城基地，統由總軍需官貝靈格主責其事。
駐天津的主力部隊，姜德率第四師第十三、十四團先行開拔，他們要先到江蘇和新併入的第十七團、第十八團“合練”。
關卓凡帶近衛團第二批出發，他要到上海，恭候“翁貝託國王號”和“杜里奧號”兩位洋美人的駕臨，接待一眾英國顧問，然後，該發給福州船政局和海軍學堂的，就發到福州去；然後，主持軒軍海軍的正式成軍。
張勇率大部隊最後出發，包括第三師全師，兩個炮兵團，一個騎兵團，兩個工兵營，以及伊克桑、鄭國魁、安德森、施羅德等高階將領。
以這次徵日為契機，關卓凡組建了中國第一支“海軍陸戰隊”。實話實說，“海軍陸戰隊”該怎麼訓練經營，關卓凡所知有限，具體事宜，要交給英國顧問來做。但兵員的選拔標準，關卓凡心裡大致是有數的。首先，得會游泳吧？
軒軍的兵源，華員之中，前期以江浙人為主，後期則以美國加州華工為主，而美國加州華工幾乎全部來自廣東、福建兩省，就是說，軒軍現有的人員構成，沿海地區人士佔了絕大多數，所以，水性好的很多。
洋員之中，出身田納西河、密西西比河附近，以及特拉華州、馬里蘭州等東部沿海州分的，有很高的比例，其中水性好的亦不在少數，有不少還幹過水手，甚至出過遠洋。
關卓凡發現，他拿來挑選做海軍陸戰隊的兵員基數，居然相當不小。
而這個兵員基數，對進一步擴建海軍，也有相當助益——可以直接從陸軍中抽調部分合適人員。
海軍陸戰隊將歸屬海軍，亦將是第一批登上馬關的部隊。
這次軍事會議，還透過了一個重要的決議：建立軒軍的功勳制度。
現在朝廷的軍功制度，不外是兩條：給官、給銀子。這是地道的農業社會“官本位”軍功制度，完全不適合近現代軍隊建設的需要。關卓凡暫時還無法從國家層面對整個軍功制度進行改革，只能在軒軍內部先做起來，而且還得和朝廷的軍功制度一起，玩“雙軌制”。條件成熟的時候，才能以國家名義，把軒軍的一套，推行於全軍、全國；同時，逐漸廢止舊有的軍功制度。
近現代的功勳制度，起於歐洲，源於軍事，但並不侷限於軍功。軍事之外的領域，關卓凡