到抗日戰爭，先生之志在民族革命；從五四到人權同盟，先生之行在民主自由。”
毛澤東特發唁電：“學界泰斗，人世楷模”，同時發動延安各界舉行追悼大會，發表悼念文章以示尊崇與紀念。
蔡元培靈柩初移厝於東華義莊七號殯房，以待運回故鄉浙江紹興安葬，因戰事迭起，炮火連綿，未能成行，遂移葬於香港華人永遠墳場。這位“五四元老”、“中國新文化運動之父”、“學界泰斗”，就此長眠於香江之岸。
【仰止】
蔡元培在少年時期，已名動公卿，曾被常熟籍的宰相翁同龢稱讚：“年少通經，文極古藻，雋才也。”
劉曉鋼先生在實用文源流的研究中說：“到蔡元培的《論國文之趨勢》、《國文之將來》，便正式把文章分為實用文和美術文（即藝術文）兩大類，開始創立獨立的實用文理論了。”
傅斯年：大凡中國人以及若干人，在法律之應用上，是先假定一個人有罪，除非證明其無罪；西洋近代之法律是先假定一人無罪，除非證明其有罪。蔡先生不特在法律上如此，一切待人接物，無不如此。他先假定一個人是善人，除非事實證明其不然。
周作人和蔡元培是同鄉，他“從小時候就聽人說蔡元培是一個非常的古怪的人，是前清的一個翰林，可是同時又是亂黨。家裡有一本他的硃卷，文章很是奇特，篇幅很短，當然看了也是不懂，但總之是不守八股的規矩，後來聽說他的講經是遵守所謂公羊家法的，這是他的古怪行徑的起頭。他主張說是共產公妻，這話確是駭人聽聞，但是事實卻正是相反，因為他的為人也正是與錢玄同相像，是最端正拘謹不過的人。他發起進德會，主張不嫖，不賭，不娶妾，進一步不作官吏，不吸菸，不飲酒，最高等則不作議員，不食肉，很有清教徒的風氣。他是從佛老出來，經過科學影響的無政府共產，又因讀了俞理初的書，主張男女平等，反對守節，那麼這種謠言之來，也不是全無根據的了。可是事實呢，他到老不殖財，沒有豔聞，可謂知識階級裡少有人物。我們引用老輩批評他的話，做一個例子。這是我的受業師，在三味書屋教我讀《中庸》的壽洙鄰先生，他以九十歲的高齡，於去年逝世了；壽師母分給我幾本他的遺書，其中有一冊是《蔡孑民言行錄》，書面上有壽先生的題字雲：‘孑民學問道德之純粹高深，和平中正，而世多訾嗷，誠如莊子所謂純純常常，乃比於狂者矣。’又云：‘孑民道德學問集古今中外之大成，而實踐之，加以不擇壤流，不恥下問之大度，可謂偉大矣。’”
杜威評論蔡元培：“拿世界各國的大學校長來比較，牛津、劍橋、巴黎、柏林、哈佛、哥倫比亞等，這些校長中，在某些學科上有卓越貢獻的不乏其人。但是，以一個校長身份而能領導那所大學，對一個民族，對一個時代，起到轉折作用的，除蔡元培外，恐怕找不出第二個。”
汪原放說：蔡元培道貌溫言，令人起敬，吾國之唯一人物也。
馮友蘭說：蔡元培是近代確合乎君子的標準的一個人。曾子說：“可以託六尺之孤，可以寄百里之命，臨大節而不可奪也。君子人歟，君子人也。”儒，“粥粥若無能”，但是“可親而不可劫也，可近而不可迫也，可殺而不可辱也”。“身可危也，而志不可奪也”。這樣的人，才是君子。孔子說“君子可欺以其方，難枉以非其道。”馮說，蔡先生的人格，是儒家教育理想的最高的表現。
馮友蘭評價蔡元培：一介寒儒，書生本色。
傅斯年說：“蔡元培先生實在代表兩種偉大文化：一曰，中國傳統聖賢之修養；一曰，西歐自由博愛之理想。此兩種文化，具其一難，兼備尤不可覯。先生歿後，此兩種文化，在中國之氣象已亡矣！”
1943年3月5日，周恩來領導的《新華日報》發表