先生的課也上不成，但熊十力同情學生，對胡適強迫學生上課表示不滿。
1937年，日寇侵入華北，熊十力化裝成商人，坐煤車逃離北京城。路上遇雨，衣履盡溼，倉皇狼狽之狀難以言表。輾轉返回黃岡後，有鄉里青年問起國事，熊不禁大哭失聲，大罵國民政府不抵抗，並讓青年們去找共產黨，拿起槍打日本。
1938年，熊十力居重慶璧山，常對學生講授民族歷史，並以節氣相勉勵，說：“日本人決不能亡我國家，決不能亡我民族，決不能亡我文化。”
熊十力到璧山後，開始寫《中國歷史講話》。賀麟等人去壁山看望他，他興致勃勃地談他的《中國歷史講話》的內容梗概，大意是講“五族同源”說。熊十力大講漢、滿、蒙、回、藏五族同源，意在為各民族團結一心、共同抗日提供理論與歷史依據。
在四川八年，熊十力生活很不安定，物價飛漲，大後方民不聊生，他只好投靠老朋友、老學生，艱難度日，無法和家人一起居住。但他沒有一天不講學，沒有一天不修改他的《新唯識論》語體文字。他看到國民黨橫行霸道，胡作非為，還是指名道姓地罵蔣介石，卻從不顯得灰心喪氣，給人的印象是勇猛精進，自強不息。
徐復觀曾將老師剛出版的《讀經示要》送了一部給蔣介石，蔣遂令何應欽撥法幣二百萬元給熊十力。熊十力依然堅辭不受，這次的理由是，自己已趨老邁，身體很差，“此等衰象，確甚險也”，不適宜再出來開辦研究所，並說“當局如為國家培元氣，最好任我自安其素。”此後熊寫信給弟子徐復觀，大訓了一通：“復觀以師事我，愛敬之意如此其厚，豈願吾早無耶。”意思是自己還想多活幾年，不想再搞什麼研究所。後來，南開中學時的老同事孫穎川邀請熊十力再次入川，主持附設在其黃海化學工業社的哲學研究部。而這一次，熊欣然前往了。
抗戰勝利後，熊十力來到武漢，看到九省通衢的長江重鎮滿目瘡痍，而國民黨不顧人民死活，積極準備內戰，引起他的不滿。於是，他一連多日，大白天手持燈籠在武漢的商業大街上旁若無人地行走，引得路人紛紛駐足觀看，好奇之人實在弄不明白，就攔住他問：“先生青天白日打著燈籠走路，這是何故？”熊十力大聲回答：“如今是天昏地暗，豺狼當道，不掌燈何以行路！”
熊十力一直想辦民間的哲學研究所。1946年春，避居川中著書授徒多年的熊十力返回湖北老家，借住在漢口王孟蓀先生家中。此時蔣介石正欲乘船還都南京，途經武漢，得知熊十力在漢口，便差人去請，想當面談談，看老夫子能為黨國幫些什麼忙。熊大師一聽頓時光火：“要我去看他，他是什麼東西！”不去。蔣先生想來耳聞熊氏脾氣，也不生氣，讓陶希聖打電話給湖北省主席萬耀煌，讓其贈資百萬給熊十力，以助其辦哲學研究所。然而熊並不領情，說：“我熊某對抗戰無寸功，愧不敢當。”
1949年5月16日，他聽到路透社的電訊：中國人民解放軍渡過長江，已佔領軍事重地武漢。熊十力極為興奮，大書三個字：解放了！
1949年10月在廣州解放之後第十天，他的老朋友董必武、郭沫若即聯名電邀熊先生北上，共商國是，並同時關照沿途各級政府，熱情接待，妥善安排。次年3月，熊十力抵京，政務院秘書長齊燕銘到車站迎接。追往思昔，想起1937年“七·七”事變後扒煤車逃離北平而路遇暴雨，渾身溼透的悽景，熊十力真是百感交集，思緒翻滾。他由此確信：中國人民真的站起來了！
在1949年11月中旬，熊十力便接到了老朋友董必武、郭沫若聯名發來的電報，電邀熊先生北上，共商國是。熊十力在給董、郭的回函中說，自己非事功之材，不宜做官，“如不以官府名義相加，而聽吾回北大，課本、鐘點、及不上堂、冷