賤不能移，威武不能屈，此之謂大丈夫。此題可視作傅斯年赴臺後“雖千萬人吾往矣”的心志獨白，也是對臺大學生在精神層面上的殷切寄望。
1950年1月，臺大“校外校內傳言斯年將去國，將辭職”。面對傳言，傅斯年在23日的校刊上發表了《致臺大同事同學》的公開信，信中說：“半年多來，校外攻擊斯年者，實不無人，彼等深以不能以臺大為殖民地為憾。然彼等原不知大義為何物，故如遂其志，實陷本校於崩潰。鑑於一年來同事同學對斯年之好意，值此困難之時，決不辭職，決不遷就，決倍加努力，為學校之進步而奮鬥！”
傅斯年就任臺灣大學校長時說：“第一流的大學，不能徒然是一個教育機關，必須有它的重要學術貢獻；但是，也沒有一個第一流的大學，把它的教育忽略了的。”又說：“大學是一個教授集團，不是一個衙門，按大學法，校長雖然權力甚大，然我為學校前途記，決不能有極權主義的作風。”
傅斯年為了保持大學的獨立性和學術的尊嚴，堅決拒絕三民主義入校，堅持不讓臺大在校園內升國民黨黨旗。
自傅斯年任臺大校長來，無論是炎炎酷暑還是刺骨寒冬，臺大校長辦公室的燈總是最後熄滅。樓道鎖門的大爺在每次不耐煩中逐漸習慣了校長的“生物鐘”，而傅斯年的司機自從跟了他後，晚餐都包在福利社了，因為總是餓著肚皮等還不如吃點快餐。這樣的日子自傅斯年任校長來已持續了一年多了，幾乎每天晚上他都要熬到12點才能休息。金耀回憶道：“每次跑到傅先生家裡，老是看到他孜孜不倦在定稿、看書，不是處理學校內事情，就是自己研究學問，傅先生所寫的文章以及答覆各方面的詢問，都是他親自動筆。”自來臺灣，傅斯年幾乎把全部的精力都花在校務上，唯一一次陪夫人娛樂就是一起看了場哈孟特電影，以後逢人談到娛樂就說這部電影。他給李書華的信中說：“幾次信都收到，我忙得要死，而寫信則懶得要命！”他對李在法國專心做學問，連連說“真是幸福！不勝羨慕”！
有段時間傅斯年左眼血管破裂，讀書寫作都受到很大限制，他就捂住左眼寫字。在讀書寫字已非常吃力之下，他不得不與秘書那廉君合作。由他來口述成句，那廉君記下話語大意。傅斯年有時為了加強語勢，手就拿著菸斗作指揮，而那廉君則埋頭伏案揮筆不停地記錄。一個出口成章地滔滔不絕，一個不斷地奮筆疾書，不知不覺幾個小時過去了。後來為了工作方便，傅斯年乾脆讓那廉君搬到自己家裡客房住下。那廉君時常半夜被傅斯年叫來寫東西，因為一旦有創作慾望，傅斯年就坐臥不安。他們合作的最後一篇文章是傅斯年為臺大大一學生國文課本寫的序，這篇文章很特別，全是用菜餚作的比喻，紅燒肉、炸丸子……好多讓人垂涎的美味都寫在文章裡，乍一看猶如一個花樣翻新的選單。
傅斯年在臺大時，羅家倫經常去看他，每次看老朋友都是一身疲憊地忙著幹不完的活，就勸老朋友不要那麼賣命。羅家倫反對他的壞脾氣，便用傅斯年自己過去的話諷刺刺激他說：“不要和蟋蟀一樣，被人一引就鼓起翅膀，擺出一副搏鬥的架勢，小心遭人反攻。”
早在主持北大工作期間，傅斯年對中國高等教育制度所存在的種種流弊有了深切的體驗，從而產生了改革教育體制的一些想法，離開北大前他發表了一篇《漫談辦學》。後來他去臺灣擔任臺大校長，又提筆寫了《幾個教育的理想》、《一個問題——中國的學校教育制度》、《中國學校制度之批評》等文，將自己在辦教育中所經受的苦痛和盤托出，特別提到“改革教育制度，不可不有新風氣，若風氣不改？一切事無從改，不止教育而已。”
【鐵腕】
傅斯年向來最痛恨不講民族氣節的儒生，對他的聊城先祖傅以漸當年不參加抗清復明運動，反