自朱影龍上臺以來，首先是在建立軍機閣的基礎上，組建的實現了軍政分開。軍隊已經相對的成為一個獨立的系統，而文官先天性的與武將不合，在那些高傲的文人眼裡，武將不過是些粗鄙武夫，會舞刀弄槍罷了，哪有至聖先師的“以德服人”來的浩然正氣，而有明的皇帝都認為武將桀驁不順，故而任用一些忠君愛國地文人來統帥軍隊對他們的地位來說是最安全的，而朱影龍透過自己的努力，一是爭取。而是透過裙帶關係，掌控了全國起碼七層的武裝力量，完成了這些力量的掌控，才是朱影龍敢下這一道“武備整頓整傷”詔令最基本的原因。
還有借這道“武備整頓整傷”的詔令將軍隊中一些害群之馬清除出軍隊。重新整頓編制軍隊，編訂新的花名冊，並且恢復營操。
詔令一出，很多武將、武官都不以為然。抱著僥倖的心理地有，有靠山在朝的心理也有，結果抱著這些心理的無條件的被清理出軍隊。取而代之地是長期被他們壓制。立功被這些人代受的低一級武官紛紛上 臺。軍隊的第一輪清洗就這樣開始了，影響波及武官達數百人。因為清洗進行的相當溫和，只是將這些人清除出軍隊，有罪地才被收押，有膽量孤注一擲的人再第一時間就被控制住了，這其中暗影和鷹衛的功勞不可小覷。
第一輪清洗是泥沙俱下，也不排除一些鬱郁不得志，對朝廷已經麻木不信任地低階武官就這樣被埋沒下去了，伴隨著“武備整頓整傷”地詔令，朱影龍再下一道旨意，下令從全**中挑選出五百底層軍官進入通州軍校，同時通州軍校地擴建以及第一批從
九邊進入軍校學習的武官順利地進入畢業實習階段， 這些從全國各地進入軍校學習的底層武官的位置，這道旨意傳到各軍 中，霎時間引起了軍中劇烈的震動，多少矢志報國的熱血硬漢流下了激動的淚水，一直以來，文官都是死死的壓制著武官，有的時候那些沒鳥沒蛋的閹貨也都能騎在他們頭上吆五喝六的，正當他們**和精神日趨麻木，整天只能為生存幹那些違心的事情的時候，新皇帝繼位，新皇帝成立通州軍事學院，這是什麼，這是一個訊號，這是皇上要提高武官地位的一個訊號，兩年過去了，他們不少人是羨慕的看著自己的同僚被挑選進入軍事學院學習，由於名額的限度，也加上教師的不足，因此第一批進入軍事學院學習的人只有不足兩百人，現在不但放寬了挑選反問，而且還是五百個名額，這下子連袁崇煥和熊廷弼這對結拜兄弟都扛上 了，為各自屬下爭奪進入軍事學院的名額，借恭賀萬壽節的名義回京，差點沒打起來，成為後世新軍事變革史上的一時趣談，當然其他人也不弱，連遠在四川征剿蜀王和貴州奢崇明、安邦彥的總督秦良玉也著急 了，上書要求非給她們川軍五十個名額，她這把老骨頭就賣給皇上了，福建的洪承疇、廣州的常炎林，甚至還在土司叛亂搞得焦頭爛額的國公沐天波也要二十個名額。
這是在軍中，在民間，同樣為了儲備軍隊中低層軍官人才，下詔通州軍事學院對民間招收學生，雖然名額只有一百名，但這樣足以打破有明一朝武官的選拔制度，也建立一種新的武官選拔制度，也讓不少有志投軍的年輕人有了一個更加好的選擇，同時也無形之中提高和給予帝**人的一種尊重。
楊鶴等人一心想把皇帝拉回“正途”，奈何皇帝似乎並沒有領會到他們這一番苦心，反而在“邪路”上越走越遠，他們不斷的在朱影龍耳邊聒噪，就差說袁崇煥、熊廷弼之流堪比漢高祖之韓信，太祖之藍玉，武官權柄日重，掌握軍權絕對是皇權的一種威脅，甚至楊鶴等人心中還有一句話沒有敢說出來，還不如由皇上親信閹人統軍呢！
若不是朱影龍不斷精簡整編軍隊，怕有強項的御史言官頂著雷說他有窮兵黷武之兆。
軍隊，朱影龍有絕對的威信和控制權，不少隨他南