要被殺光，這麼下去恐怕鄧大人那邊會不同意，就連皇上那邊都不好交代。留在長崎城內的日本人，基本上已經是陷身於一片火海，在不斷的炮擊中，沒有人敢於出來救火，半個長崎城都在燃燒，但是蔣介石依舊沒有找到任何大規模武裝力量存在的跡象。
“他媽的，看你們這幫倭奴躲到什麼時候！”林泰曾暴怒著喝罵道：“給蔣介石傳令，狠狠地打，直到把子彈打光為止，不必留情。”
劉冠雄有些擔憂的說：“大人，這麼下去，長崎城裡的平民就會全部被咱們殺光，回頭皇上可能會怪罪咱們，為了穩妥起見，咱們還是向皇上請旨之後再行定奪吧。”
林泰曾找到鄧世昌經過商議之後，又與準備在熊本登陸的張作霖發電聯絡，張作霖也覺得此事非同小可，必須向皇上請旨，於是林泰曾和三人代表聯名向北京致電，很快就得到了皇帝的御筆回覆：今後茲事不必再議，倭人兇頑，自古擾我邊疆，覬覦我中華河山，此番會獵於東瀛，凡擋我者，一律殺無赦，不必再行請旨。欽此。
有了皇上這道旨意，大家心裡總算是有了一個護身符，皇上的意思很明確，就是不必顧忌什麼平民和士兵，只要肝膽公然對抗中華大軍的，一律格殺勿論。
林泰曾當即向蔣介石下令：對於長崎倭人不分男女老幼，一概格殺勿論。
於是，蔣介石率領海軍陸戰隊員一萬五千人開始了為期三天的長崎血腥大屠殺！
第一天。海軍陸戰隊的主要任務還是搜尋失蹤的三萬多長崎守軍，並沒有發動針對平民的屠殺，即使是這樣，在炮火和誤傷中死傷的日本人也達到了近兩千人之多。
第二天。蔣介石一聲令下，要求對長崎城的所有日本人採取滅絕政策。於是登陸的一萬五千人陸戰隊員分成了五股，分別向肥前古嶽、津屋嶽、現川、帆場嶽、前嶽這五個長崎主要地區展開搜尋和屠殺任務。
除了個別地或小規模地對日本居民隨時隨地殺戮之外，還對解除了武裝的日本軍警人員進行若干次大規模的“集體屠殺”。大規糢屠殺方法有機槍射殺、集體活埋、甚至為了節省子彈，把數百人集中在一起，澆上汽油和柴油，用火焰噴射器一次性焚殺等。
這一天，也就是8月25日上午11點，已放下武器的日本軍警人員1000餘人被集體解赴現川的琴平神社用機槍密集掃射，絕大部分人當場被擊斃，負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。
下午2點30焚，解往山之神神社日本平民及已解除武裝的日本軍人4000餘人被以迫擊炮集中轟炸的方式屠殺。同日下午又在津屋嶽一帶屠殺3千餘人。在長崎北路工事群附近槍殺200人。
第三天。8月26日。位於間之瀨中央公民館躲避的日本男女平民5000餘人被集體押往長崎河南岸碼頭，雙手反綁，排列成行。用機槍射殺後，棄屍於長崎河中。
陸戰隊在正念公民館屠殺400餘人。當天晚上，日本平民3000餘人被押至長崎港海邊集體射殺，並用燃燒彈焚屍。在開目寺避難的400餘日本平民被集體射殺。
當晚10點左右，在西川內，將從長崎城逃出被拘囚的日本男女老幼平民共5418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到西川內垃圾場，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能呻吟掙扎者以亂刀砍戮，事後將所有屍骸澆以煤油焚化。
以上便是三天的屠殺情況，在大規模屠殺之外，蔣介石也第一次放開軍令，默許所有士兵對日本婦女實施暴行。在第一天士兵們畏懼軍紀，沒有發生一起強暴事件。到了第二日屠城令一下，在長崎各地區強暴婦女事件開始零星的發生了幾起，但蔣介石並沒有下令約束，於是此類事件開始瘋狂的暴漲起來。長崎城中的五萬多名婦女，有將近一半的人被