殖民遠征軍的印度洋遠征分為兩個階段，分別為攻打馬達加斯加和東非沿岸擴張。
馬達加斯加作為印度洋上最大的一座島嶼，也是非洲東南部最具戰略意義的島嶼。在軍事上，它北通印度，南接好望角，控制著好望角與印度的航海線，並由此控制著歐洲與亞洲的商路，是一個用武之地。在經濟上，全島地勢不高，水資源豐富，可播種土地頗多，是咖啡、茶葉、水稻的天然種植園，同時，島上亦有若干深水港口，可作貿易港口。
馬達加斯加島上有著數十個民族，但各民族的語言、文化相近。這些民族中，最強大的是伊麥利那人。伊麥利那人在兩個世紀前於島中部建立了政權，稱為伊麥利那王國，但是，由於伊麥利那人的人口數量並未佔有絕對優勢，因此，他們建立的王國並未能統一整座島，勢力範圍僅僅是在島的中部高地和東部沿海。
馬達加斯加島的西部為平原，是全島農業最發達之地，同時在沿海之地也有馬任加等深水港。島西部的民族並未建立如伊麥利那王國那樣的國家政權，多為民族部落形式存在，然而，憑藉著西部平原的經濟優勢，而長期與歐洲航海者進行貿易，最終透過從歐洲人手中購入的粗劣武器，抵抗住了強大的伊麥利那王國的攻擊，保持了自身的獨立性。
遠征軍在對付馬達加斯加時，首先便是籠絡西部各部落，並因此得到了馬任加港。馬任加港始建於最初建立它的是海盜，因此，港內的居民多數為純為白人的海盜後裔和海盜與當地人的混血後裔。
馬任加港的居民並不多，且多數為深受歐洲文化薰陶的基督徒，因而，他們並不排斥法蘭西人的到來，並且還因為基督徒的到來而興奮起來。居民們雖然大多為海盜後裔，可他們都是虔誠的基督徒。作為島上的少數人，他們被迫在異教徒中生存，所以無論在文化、信仰上都頗為壓抑。遠征軍的第一個殖民據點便成功的利用文化、宗教、種族上的優勢建立了。
佔據馬任加港只是第一步，而且也是有代價的，這個代價便是幫助西部部落對抗東部的伊麥利那王國。
伊麥利那王國與西部部落相比，其優勢僅在有一個國家形態，但在軍事、經濟方面卻並不如西部，在科學技術上，更是非常落後，他們的軍隊甚至還裝備著弓箭等冷兵器，不但沒有火槍，更沒有火炮。
軍力上的優劣不在數量，而是在質量。武器方面的優勢，令遠征軍只用一年，便攻克了伊麥利那王國位於東部沿海的重鎮圖阿馬西納，並與伊麥利那王國簽署了有利於法蘭西的不平等條約。憑此條約，法蘭西在東部獲得了以圖阿馬西納為中心的狹長沿海地帶，加之西部的土地，成為了馬達加斯加島上的最強大勢力。然而，軍事上的勝利並沒有令法蘭西成功將全島納入版圖之中，畢竟馬達加斯加的總人口超過五十萬。所以，馬達加斯加的殖民計劃還未完成，未來還需要進一步擴充套件。
相比起經歷過戰爭才確立的馬達加斯加殖民地，東非沿海的殖民據點建立則非常不順利。
東非沿海之有利港口大多為葡萄牙佔據。葡萄牙在東非的殖民歷史長久，雖然其在東非部署的兵力不多，可是每一座殖民城市都有防禦工事，因此，在遠征軍將力量放在馬達加斯加的情況下，他們根本不敢也不能去招惹葡萄牙人。因此，在一年多的時間中，遠征軍在東非的成果，只有與東非的葡萄牙總督簽訂貿易協議和在遠離葡萄牙勢力範圍的北方建立若干據點。
與葡萄牙的貿易協議，實際上便是保護費和港口停靠權。葡萄牙在東非並沒有艦隊和充足計程車兵，每一座據點只有數千居民、數十正規軍，即使都建有防禦工事和炮臺，亦無法以此來阻擋法蘭西艦船的炮彈。因此，當法蘭西艦隊在葡萄牙人面前轉了一圈後，葡萄牙人便心服口服地主動“行賄”，想以此來換取和平。