。恰好此時湖北漢陽失守，他便藉口領軍援鄂。率兵離開廣西返回湖南老家。
在臨走之前，沈秉堃任命王芝祥代理都督一職。多年的媳婦熬成婆，在廣西從政近十年的王芝祥心花怒放。只可惜他並沒有笑到最後。沈秉堃前腳剛走。另一副都督陸榮廷便在全省鼓吹“桂人治桂”，贏得了該省上下尤其是諮議局的歡心。作為直隸人的王芝祥自然在打擊排擠之列，無奈之下，他只好效法前任沈秉堃，以北伐為名，於1912年1月率兵離開廣西。
王芝祥離開時，名義上是援鄂軍司令。可湖北有什麼好援的？別忘了湖北革命軍的當面之敵是戰力最強的北洋軍，各路援鄂軍被打得丟盔棄甲、曳兵而走，王芝祥怎麼甘心讓自己僅剩的這點資本就這麼輸掉？所以在北上途中。王芝祥改“援鄂”為“援寧”，率兵直奔中華民國臨時中央政府所在地而去。在南京稱孤道寡的孫中山看到有人投奔自然大喜，一方面邀請王芝祥加入同盟會，一方面任命他為第三軍軍長兼陸軍部高階顧問。並特授上將銜。
南北和議開始之後。臨時參議院透過議案，規定南北各省督撫一律改稱都督，諮議局改為省議會，都督由省議會公舉。當時在南京參會的直隸代表谷鍾秀等認為王芝祥在全國頗有聲望，曾擔任廣西都督府副都督、代都督，又加入了同盟會，由他做直隸都督，可以掌控華北軍權。起到抑制袁世凱的作用。南京臨時政府對此也非常贊同，雙方便把王芝祥作為直隸都督人選推薦給時任北方談判全權代表的唐紹儀。
唐紹儀那時候還不是國務總理。雖然覺得由王芝祥擔任直隸都督應該沒有什麼問題，他還是全權代表，依然不敢自專，回京之後曾就此事向袁世凱特地彙報。直隸是北洋系的發跡之地，袁世凱怎麼可能把它拱手讓人？儘管袁世凱心裡不樂意，不過為了讓南京臨時政府在黃興出任內閣陸軍總長問題上讓步，還是虛與委蛇道：“此事好商量！”
唐紹儀卻以為袁世凱已經同意，便將答案告知了谷鍾秀等直隸代表。中國的選舉，無非就是體現上級組織的意圖。既然南北雙方都贊成推舉王芝祥作為直隸都督，直隸議會也就順水推舟，在三、四月間選出了王芝祥這個直隸都督。
陳宧剛走，王芝祥便卸任第三軍軍長，交由黃興負責裁撤，自己由南京北上，進京呈請大總統府按照參議會決議予以任命。結果袁世凱表面上對他非常客氣，不僅請他吃飯，還聘他為大總統府高等顧問，但就是不發給他任命書。
這一拖，王芝祥心裡就開始有些犯嘀咕：到底怎麼回事？這邊遲遲不給發直隸都督的任命書，那邊卻在磨刀霍霍裁撤自己的第三軍，自己該不會雞飛蛋打——兩頭落空吧？思來想去，王芝祥都覺得不踏實。於是他便找到當時的中間人唐紹儀，想問個究竟。
唐紹儀也很奇怪：這是大總統以前答應好的事兒，怎麼會故意拖著不發任命書呢？
詫異之餘，唐紹儀覺得自己作為當日的全權談判代表，有權利也有義務去大總統府幫王芝祥問問到底是什麼原因。而且上次簽署裁軍善後借款協議的時候，唐紹儀曾和袁世凱鬧得很不愉快，之後一直都沒有踏足大總統府，這回幫忙也可以順便打破兩人之間的堅冰。
第二天開完內閣會議之後，唐紹儀直奔大總統府。
袁世凱對於唐紹儀的來訪驚喜交加，見面就說道：“少川，今天怎麼有空過來？我還以為因上次裁軍善後借款的事情，你我生分了呢！”
唐紹儀笑道：“大帥說的是什麼話？唐某自光緒十年（1884）年在朝鮮結識大帥，至今已有近三十年，誠可謂是金石之交、車笠之交，怎麼會因為一件公事而生分？而且為政務辯論也是實行民主共和後的常態，如果因此而生分，那歐美各國的政治家豈不是遍地仇人？我等應該既不以公廢私，也不以私廢