上當選；外國人對於中國學術有特殊貢獻者可以推薦為名譽會員。也就是說，大學畢業生就有資格當選為會員。儘管民國初年大學生還是鳳毛麟角，遠不像今天這般俯拾皆是，但每年也有近千人。一個以研究學術為己任的高層次研究學會只要求大學畢業生即可入會，《中央學會法》所定會員資格未免有些失之過寬。
袁世凱最初提出“中央學會”名稱的時候，孫元起還是教育總長，在他看來，中央學會應該是泛指一切全國性的學術團體，既包括中國科學技術學會及其下轄的各種專業學會，也應該包括各大學研究所、清末民初政府設立的科研機構以及民間私人組織的學會（比如美國信寶珠女士1909年在上海創立的中華護理學會，丁福保1910年成立的中西醫學研究會）、詩文社等，而不是某個具體的社團。如此一來，中央學會既可以避免與中華科學院機構重疊，也可以囊括自然科學與人文社會科學兩大塊內容。
沒等孫元起發表自己的見解，教育總長已經換成了現在的蔡元培。《中央學會法》頒佈之時，孫元起正在全國各地忙著競選事宜，看著好端端的中央學會被折騰成四不像，忍不禁搖頭嘆息：這哪還是什麼中央學會，分明就是民國版的全國學聯嘛！
——全國學聯，全稱“中華全國學生聯合會”，是中國高等學校學生會、研究生會和中等學校學生會的聯合組織。儘管對袁世凱、趙秉鈞、蔡元培等人此舉頗有微詞，但不在其位不謀其政，孫元起也只能任著他們折騰。
按照12月大總統府公佈的第一屆參議院議員選舉日期令，中央學會的參議院議員選舉定於1903年2月10日舉行。在此之前，中央學會必須儘快完成會員的互選與資格認定。這可是個浩大的工程！
如果把戊戌變法時期興辦新式學堂視為中國近代高等教育的開端，那到現在已經有十四五個年頭，畢業的學生加起來至少有好幾萬，其中經世大學一個學校就要佔據其中的半數以上。此外還有在國外大學畢業的、有專門著述需要中央學會評定資格的，林林總總估計將近十萬人。這些人散佈在全國各地乃至海外，經過朝代變革很多學歷、檔案已經散佚。驗證起來非常困難。要在短短的一兩個月內完成會員的互選與資格認定，這幾乎是不可能完成的任務！
雖然任務艱鉅，但誰也不能否認中央學會是一塊大肥肉。試想一下。山東、河南、湖北、四川等人口數千萬的大省才有10個參議員名額，而不到十萬的中央學會中就有8個名額，比例懸殊數百倍，怎麼能讓人不動心？尤其還是國民黨在眾議院初選失利、新中國黨緊追不捨的情況，自然更不會輕易丟棄這一兵家必爭之地。所以國民黨和蔡元培等都是咬緊牙關，明知山有虎，偏向虎山行。
儘管在接手之前已經有了心理準備。不過事實證明，他們還是低估了這個任務的艱鉅性。問題首先出在對《中央學會法》中的資格解釋上。
首先提出異議的是前京師大學堂預科畢業生，他們向教育部要求取得選舉會員的資格。教育部有些愕然：雖然大學預科也屬於高等教育的範疇。是高中教育跨越到高等教育的重要基石，但預科只相當於補習班，水平、資歷都明顯低於大學專科畢業，根本達不到《中央學會法》規定的要求。怎麼可以提出參選要求呢？
預科學生則振振有詞地解釋道：首先。京師大學堂（現北京大學）是大學；其次，預科是大學的一部分；第三，我們在大學裡學習了三年時間。這些完全符合“國內大學三年以上畢業者”的條件，為什麼沒有選舉會員的資格？
教育部這才發現法案中的漏洞，趕緊補充