上的通訊地址“kingshimuniversity”，是美國公使康格先生的一個筆誤；iprt最初是北平大學的一個研究機構，與北平大學密不可分。證據？iprt的舊址就在北平大學院內，還用證據麼！
接下來的幾天裡，孫元起出於對盧瑟福的崇拜，或者說其他什麼原因，先後數次到美國公使館拜訪。在討論過程中，孫元起總是在不經意間提到了後世對於原子結構的看法，讓盧瑟福驚歎不已。
在聖誕節後的一天下午，盧瑟福鄭重的對孫元起說：“york，你對原子結構的天才性認識，已經在《science》和《nature》上先後刊登。但在我們交談過程中，我發現你有更多的發現和更深刻的理解，這些成果足以震驚世界，使得自然科學的發展更加迅速。可是你為什麼不把他發表出來呢？”
孫元起聳聳肩，無奈的說：“那些東西，都還只是理論——或者說是猜想，需要時間和實驗來證明。如果我把它們寫出來，恐怕無法找到出版社來出版。即便出版了，也會和凡爾納的作品擺在一塊兒，被當作是科幻讀物的。”
盧瑟福依然很嚴肅：“不！就像你所設計的a粒子散射實驗一樣，雖然只有八千分之一的機率反彈回來，但它確實存在，只是需要大量的實驗和細心的觀察。同樣，理論也需要不斷的提出，哪怕只有極少數正確。否定錯誤的過程，也就是我們接近正確的過程。”
孫元起有些心動，覺得如果把一些基本的理論給闡述出來，確實可以使得科技更好的發展，使得這一代偉大的科學家把精力放在更前沿的位置，人類或許可以獲得更多的真理和知識。蝴蝶效應說，南美洲的蝴蝶扇動一下翅膀，可能導致北美洲的一場颶風。
“或許，我就是那隻蝴蝶……”
九、抱琴於野有知音
公元1898年12月31日，農曆光緒二十四年十一月十九日，京師大學堂開學。第一批原計劃招生500人，因為戊戌變法失敗，許多人都噤若寒蟬，所以招生工作進行得並不順利，據之後一兩年的文獻記載，實際上仕學院學生27人，中學生151人，小學生17人，又附課學生43人，合仕學、中學、小學、附課生只有230餘人。比崇實中學的學生多不了多少。但它卻是中國近現代第一所國立大學，是當代北京大學、北京師範大學等著名學府的前身。
在開學那一天，孫元起作為學校第一批教習，有幸隨著中文總教習許景澄、西文總教習丁韙良等參加典禮。之後，大學堂並沒有立即開課，畢竟各省選送的學生還沒有到齊，相關的準備工作還在緩慢的進行。不過這些都不是孫元起所關心的。孫元起給了老佟幾十兩銀子，囑咐他準備好送給盧瑟福、thomas的禮物。剩餘的錢，每日裡買點食物送來。這段時間，孫元起一直躲在屋裡寫稿子。
那天，盧瑟福的建議確實打動了他，回來權衡良久，決定先寫一本簡單的小冊子，交由盧瑟福帶至加拿大，看看能不能有結果。因為盧瑟福打算1月6日動身赴mcgill，以便趕上麥吉爾下學期的開學。所以，孫元起的時間就有些緊，只好每日呆在屋裡寫文稿。
小冊子的名字已經擬好，就叫《從原子、原子結構到元素、元素週期表、分子及化學反應本質》。雖然名字都是與化學有關，其實核心還是原子物理學。事實上，在十九世紀末、二十世紀初，物理和化學並沒有太分開，比如作為物理學大牛的盧瑟福，在1908年因對放射化學的研究榮獲諾貝爾化學獎。再比如提出電離學說的瑞典天才阿倫尼烏斯，該獲物理學獎還是化學獎，也曾讓諾貝爾獎評委們產生分歧。在1901年首屆諾貝爾獎評選時，他被提名物理學獎，但最終落選。1902年，聲名鵲起的他又被提名化學獎，但仍然落選。可作為物理化學的創始