，下面分為兩個實體的學部：自然科學與工程技術學部，即現在的中國科學技術學會；以及即將組建的人文科學和社會科學學部，成立後正式名稱將為中國社會科學學會。
從機構設定來看，每個學部都下轄一系列專門的學會。就拿人文科學和社會科學學部（中國社會科學學會）來說，下面就有中國文學會、中國哲學會、中國史學會、中國經濟學會、中國語言學會等名目。
而從機構隸屬角度來說，中央學會對應各省學會，中央學會各學部則對應各省學會的學部，中央學會的各個專門學會又對應各省學會的各個專門學會。由此，入會的會員也被分為三類：由各省專業學會互選產生的普通會員；由全國性專業學會的所有普通會員互選產生的高階會員；由中央學會會長、副會長提名透過，或外國學者對中國學術有特別貢獻者，稱為榮譽會員。
至於會員互選，孫元起有懲於之前學生對於《中央學會法》的質疑，先是對具有互選資格的人群做出了專門的界定。比如所謂的“大學、高等專門學校”，就是中學畢業後或具有中學畢業程度的學生經過考試選拔才能入學，實施學科教育並授予特定學位的高等教育機關；所謂的“大學、高等專門學校三年以上畢業生”，就是在大學、高等專門學校接受專業課程教學三個學年以上，所有科目考核合格，取得畢業證書文憑的學生。界定之嚴密、解釋之古板、條款之苛刻，簡直令人髮指。
孫元起還唯恐不夠精密，又組織經世大學教育學系師生對中國1898年出現高等教育以來所有資料進行蒐集整理，詳細列舉了全國所有施行高等教育的學校名稱以及起止年限、專業名稱；對外國大學及高等專門學校也進行了羅列，明文規定各國特為中國留學生設立的速成專科（部）畢業生不在此例。就拿蔡元培舞弊的浙江省立兩級師範學校來說，名單中就明確指出該校只有1908年至1912年優級師範科的畢業生才具有互選條件。
為防止因學校資料缺失而導致的人員遺漏，孫元起又特別要求，目前各省應就名單規定的合格人士迅速展開普通會員選舉，以便在規定時間內選舉出參加國會的參議員。至於其他不在名單的學生，可以以信件的形式向教育部反應，中央學會也會為他們單獨留出1個參議員名額，等待時機合適再另行補入，以免因為一部分人而累計全體選舉。規定頒佈之後，如果再有學生尋釁滋事，藉故抗議請願，阻撓選舉進行，第一次當課以100塊銀元的罰款；第二次將課以500塊銀元的罰款；第三次則處於一個月的拘役，並剝奪五年之內的選舉權和被選舉權，絕不姑息。
孫元起在隨檔案送給蔡元培的信中也申明，如果臨時參議院、內閣同意自己的意見，那麼自己會接受相關職務任命，暫時負責中央學會的會員互選與參議員選舉；如果不同意，那不好意思，孫某能力有限，你們還是另請高明吧！
估計臨時參議院、內閣也是沒有別的高招，很快便順水推舟地同意了孫元起提交的所有檔案。隨後，這些檔案在《政經日報》、《申報》、《民立報》、《民權報》以及中華廣播等媒體上以政府公告形式連續刊登，位於經世大學旁邊的中國科學技術學會也掛出了“中央學會”“中央學會自然科學與工程技術學部”“中央學會會員評選委員會”“中央學會參議院選舉委員會”等牌匾，標誌著中央學會正式成立。
不知是因為孫元起的人格魅力，還是有關處罰規定過於嚴苛，公告頒佈數日之內居然無人提出反對意見。而近水樓臺的經世大學作為中國在校師生人數最多的高等學府，在這幾天內已經先後有上千人在選舉事務所登記審查，幾乎佔據了全國登記總人數的九成！
真正會員選舉的時候，該不會是經世大學一家獨大吧？孫元起不僅憂慮：儘管經世大學在中國科學界確實是一枝