外行就能指揮內行，而且內行還得表現出佩服的神情。如今榮慶就是這樣，從刑部尚書改任學部尚書之後，好像立馬對新式教育內行了一樣。
按照孫元起原先的計劃，除了外語，分為語文、思想品德、作文三部分。這是後世常見的分法。榮慶拿到方案之後，終於發現一個可以大展身手的機會捻起毛筆，便在圈圈點點。等孫元起拿到修改稿之後，幾乎是欲哭無淚：
先說語文。榮尚書大筆一揮，改成了“讀經“下面還小。字註明：“小學堂學生畢業，須能背誦《詩經》、《尚書》：中學堂畢業，須能背誦《孟子》及《春秋》三傳之一種：至於高等學堂，在熟讀三禮後，可氾濫於詩詞歌賦之間矣。
“對於孫元起提到的拼音尚書大人尤其不滿，全部用大筆扛掉之後，邊上筆墨淋漓地寫道：“《春秋》嚴夷夏之大防，《孟子》雲未聞變於夷者也。吾人焉能改華夏之文字，從臘丁之字母乎？！”。
再說思想品德。榮尚書批道：“不妥！不妥！幼童入學便當授以忠孝仁愛、修齊治平之道。而人倫道德之根本，在《孝經》《論語》二書。此課可改名為“修身””
最後說作文。榮尚書的墨水好像不要錢，把原先的稿子塗了大半，在天頭地腳上寫道：“學生作文，總須知道起承轉合、平厭押韻，故而作文課之內容，可分為古文、駢文、古詩、律詩等種。次第授習…………”
照榮慶這麼一改，該背的經書一本不少，該寫的八股文、試帖詩只是改頭換面這新式學堂的教育和傳統經學教育有啥兩樣？背誦些經典，孫元起倒不反對，可也不能《四書》《五經》一本不少吧！
孫元起婉言勸說了幾回，可榮尚書好比是茅坑裡的石頭又臭又硬，獨出己見，一意孤行。來回幾次，除了刪減一部分背誦內容之外，沒有任何進展。孫元起只能讓步，把漢語拼音方案作為選修內容附在外語的後面，總算透過了榮尚書的稽核。
本來以為自己的工作已經是最慘了看到張元濟、羅振玉、他們來來回回的改動，孫元起終於明白什麼叫“德不孤，必有鄰“。比如，榮尚書堅持在新式學堂裡，每當學期開始、結束以及每月的第一天必須由校長、老師帶領，跪拜孔子：每年皇太后、皇上、皇后、孔子的生日，老師學生也要磕頭，行禮如儀。這和過去的教育完全是換湯不換藥！管中窺豹，由此可知清廷以後的其他改革估計也都是走走形式，敷衍一下典情罷了！；
經過這次的教材審定，商務印書館的外語、數學、物理、化學、地理、自然等教材全部中選，只有語文和思想品德需要大規模調整。不過按照榮慶的意思，編選倒也不難，無外乎把《四書》《五經》刪刪減減罷了。在這刪減修改的過程中，孫元起免不了又要摻些私貨進去。比如內容的選擇，儘量避開論述忠君的段子，避開太詰屈茸牙的篇章：生僻字的注音，不用中國傳統的反切，而是用漢語拼音。
不過，孫元起並沒有為此而鬱悶，因為在三月初的時候，薇拉為他生了一個千金，取名“孫念蕾“。如今兒女雙全，樂得找不著北，哪有時間普搖搖欲墜的清政府當心鬱悶啊？
忙完學部這檔子事兒，已經是1906年4月。由於去年沒有去美國，孫元起心中有些牽掛。在自己和學校的起步之初，美國大學和友人就給了最大的幫助：而且在四五年的來回奔波，早已和和實驗室同事結下了深厚的感情。如果自己就這麼撤手而去不管不顧，無論從哪個角度來說，都過意不去。所以，打算請假兩三個月，去美國和同事們交代一下以後的研究計劃，也好安心留在國內，從事自己的教育和科研事業。可還沒想好具體的出行安排，�