就任外交部長官僅五分鐘，美國駐韓大使館就打電話祝賀
對於盧武鉉總統任命潘基文為外交部長官，美國人的評價非常之高。1月16日晚上七點左右，任命情況對外公佈，僅僅過了五分鐘，時任美國駐韓國大使的托馬斯·哈伯德就打來電話，表示祝賀。
總統盧武鉉和外交部長官潘基文（3）
1993—1994年，第一次朝核危機期間，潘基文曾經擔任駐美公使，當時托馬斯·哈伯德擔任美國國務部東亞太平洋副次官助理，兩人已經有過接觸。
因此，當韓美關係出現裂縫，北核危機深化的時候，潘基文—哈伯德組合被人們譽為最佳拍檔。
當天夜裡十一點左右，潘基文又在家中接到了美國國務卿科林·鮑威爾祝賀就任長官的電話。科林·鮑威爾是美國的國務卿，而潘基文剛剛就任，尚未開展工作，他就在深夜打電話到家裡表示祝賀，這也是非常罕見的事情。
科林·鮑威爾在這通深夜電話裡說，“包括我在內的很多人都瞭解你。許多美國人都為你就任外交部長官而高興”，“為了今後繼續加強韓美關係而努力”，同時又友好地表示，“你正式就任之後，希望我們能早日會晤”。
英國路透社報道說：“考慮到彌補青瓦臺和外交部之間的裂縫，並在韓美同盟關係之上構築韓國的外交，潘基文是最合適的人選。”
但是，保守陣營認為潘基文在任外交部長官期間，沒能發出他們自己的聲音，所以強烈表示不滿。他們認為，潘基文應該維護韓美關係不再出現裂縫，並在同盟關係的基礎上解決朝鮮問題。
2005年4月，保守陣營的這種不滿在國會統一外交通商委員會浮出水面。在野黨大國家黨的議員們針對近期主要外交懸案向外交通商部發難，指責其沒能發揮職責，淪落為“外交秘書局”。現任京畿道知事的金文洙議員說：“外交官們擔心自己被劃分為親美派或親日派，所以只知道給盧武鉉總統唱讚歌”，“潘基文長官這樣做雖然不是明哲保身，但是現在的外交已經危機重重了。”
他還說，“在外交方面，無論是盧武鉉總統，還是國家安全保障委員會（NSC）常任委員長鄭東泳，他們也都是業餘水平，外交專家們這樣做事，真不知道他們在想些什麼。”同屬該黨的樸啟東議員批評說：“在盧武鉉政府，外交部只能做外交秘書局的工作。誰也不知道外交部長官幹什麼去了，只剩下非專家在那裡左支右絀”，“自從尹永寬長官被NSC的自主外交論者驅逐下臺之後，外交官們都害怕遭到解職，也只能匍匐前進了。”
洪準杓議員指責說：“每當外交部力不能及的時候，潘基文長官總是說非常感謝總統的指教。外交部長官應該是總統的外交老師，他怎麼能說這樣的話呢？”透過回答，潘基文明確了自己的“外交部長官論”。即，“外交部長官只是總統的外交參謀，不可能成為總統的外交老師。”潘基文還說，“外交方面的最高負責人是總統，我只負責執行總統的外交哲學和方針。”
另外，潘基文還說：“總統的哲學和見識引導著當代外交的潮流，這是國際社會的慣例。”每當盧武鉉總統的自主外交構想引起爭論的時候，這段發言就會成為砧上魚肉。
然而出乎人們的想象的是，潘基文並不追隨盧武鉉總統的自主外交路線，只是認識到總統的固執難以違拗罷了。
有位曾經是潘基文親信的外交官這樣評價說：“保守陣營對於潘基文不能發揮自己的作用深懷不滿，大加批評，潘秘書長當然知道。但是，如果真的那樣做了，潘秘書長就只能放棄外交部長官的位置了。究竟是毫無建樹，剛剛抬高自己的聲音就短命地結束長官生涯好呢，還是在政府裡忍辱負重，盡最大可能發揮自己的作用好呢，人們對這兩者的評價當