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這十六種忍者組織，連同伊賀流在內，一共有十七個流派，其中中川流是以山伏忍術聞 名；柳生流則以劍法為特長；紀州流以暗器為特長；義經流以輕功見長；備前流以拳法見長；南蠻忍法則是因為處於長崎海港的地位，當時中國高明的使用火藥和藥物知識的傳入，加上融合了固有的山伏戰術而漸漸衍生出來的流派，這種流派的特長是使用火藥，有別於固有的流派，他們稱這種傳自國外的火藥術為南蠻忍法。
不過縱觀東瀛扶桑倭國，這十七個忍者組織，在東瀛戰國時期，除了柳生流和伊賀流曾經入仕德川家康而留名在東瀛歷史之外，其他的流派雖被許多爭雄一時的諸侯所利用，而做了許多轟轟烈烈的大事，然而依舊沒腥風血雨人能夠揚名東瀛。
單從東瀛戰國時期的歷史看來，這些忍者的名稱由於地區的不同，以及諸侯的命名相異，有許多不同的稱呼，例如戰國時期的名將上杉謙信便稱這種人為細作，細作這個名詞是中國語言，便是奸細、間諜的意思。
而東瀛戰國時期的大諸侯武田信玄則稱忍者為素波，至於另一位諸侯織田信長則稱忍者為換猿。
根據東瀛的說法，忍術之有流派，是在鎌倉時代之後，才慢慢形成的，在此之前，就有許多隱居在山中修練“兵法”的人，他們所習的功法被稱為“山伏兵法”。
據說，山伏兵法的創始者是役之行者小角，小角和他徒弟所修練的武術，便是此後忍者們修習的武術基礎，故此小角可稱為忍者的祖師爺。
忍者之所以從武術修練者人世成為諸侯爭奪權利的工具，最早在六世紀中葉，當時東瀛的聖德太子任命了伊賀國（諸侯封地）的大件細人做間者（細作、間諜），給了他一個“志能使”的頭街，讓他率領一批手下執行探查敵情的任務。
自此，任用忍者作為間諜，便成為爭奪天下的諸侯所必備的手段，戰國時期之所以忍者流派蓬勃發展，主因便在於此。
不過東瀛自古以來，除了忍術之外，尚有所謂的仙術、幻術、陰陽道以及四鬼戰法，而其中四鬼戰法則被視為妖術。
東瀛的仙術，源自於徐福，徐福本身是一名術士，誆稱東海之外有仙島，上有仙人居住，於是得到秦始皇的信任，給予全力支援，令他率人到海外仙山去取長生不老的仙丹回來，可是徐福帶著五百童男、五百童女出海東渡扶桑之後，便不曾返回秦國，成為歷史上最大的一個騙子。
徐福到了扶桑之後，改了個極為拗口的名字叫修奧尤邏達由也，做了東瀛王，他所傳下的術法，被當時的土著視為不可思議的仙術，後來修練者雖多，然而卻無人能白日飛昇。/幻術即是今日的魔術，在三國時期陸續傳入東瀛，據說幻術大師左慈門人中有來自東瀛的人士化名投入其門下，學得左慈幻術後，再返回東瀛扶桑國，將此幻術傳衍下去，這種幻術在扶桑另有一種別稱的外術。
在扶桑的幻術中，最有名的一位人物首推果心居士，他以幻異詭譎的手法，利用道具、環境、煙霧、光線等各種方法，製造出神秘而又詭異的氣氛，騙過觀看者的眼睛，而變出各種東西，或者是把人或物變走，這種術法便是現今所稱之魔術，而東洋魔術亦如西洋魔術一般，需藉助各種道具，才能完成各種變化。
至於陰陽道則同樣從中國傳人東瀛，依據陰陽八卦，五行變化的道理，由一位東瀛學者安倍晴明加以衍生改進，變得東瀛化之後，形成所謂的“察氣術”，由觀察宇宙間五行之變化而演化成五行遁術。
五行是指金、木、水、火、上，安倍晴明所演化的“五遁之