快了清查進度，同時著手製定新的軍隊管理制度，從兵員招募、訓練考核到軍餉發放，都進行了詳細規劃，還清退了部分年老計程車兵，以保持軍隊戰力。
隨著清查工作的深入推進，越來越多深層次的問題逐漸浮出水面。
一些隱藏在軍中多年的利益集團，開始蠢蠢欲動，畢竟曹琦追討缺額他們都不怎麼牴觸，畢竟勳貴也不太缺錢，從士兵身上榨不出錢，也能從百姓身上撈取利潤，比如鹽鐵茶酒，都是賺錢的買賣。
但是曹琦居然將自己在軍中的勢力都趕出去了，這就讓一些人忍不住了。
他們或是暗中串聯，企圖聯合起來對抗曹琦的整軍行動；或是四處散佈謠言，詆譭曹琦的聲譽，試圖擾亂軍心。
曹琦得知這些情況後，一面加強對軍中輿論的管控，一面加大對這些利益集團的調查力度，時不時就有一兩家勳貴被抄家。
一時間京都的勳貴人家，都有點風聲鶴唳草木皆兵。
這是一場與舊勢力的殊死較量，稍有不慎，不僅整軍計劃會功虧一簣，還可能引發更大的動盪，所以曹琦對這些人是絕不手軟，嚴厲打擊，出重拳。
在接下來的日子裡，曹琦與舊勢力的鬥爭愈發激烈。
但隨著新制度的逐步推行，馬軍衙門的面貌開始煥然一新，兵員素質得到提升，軍隊紀律明顯加強，戰鬥力也有了顯著提高。
阻擋曹琦的那些人，看到木已成舟，也只好作罷。
終於歷經千辛萬苦，曹琦終於將馬軍衙門理順，而且徹底掌握在手中了。