美潛艇在中太平洋海域的破交戰：1943年3月以後，美潛艇主要在中太平洋的馬裡亞納、加羅林、馬紹爾群島海域破交，其中頗為活躍的美潛艇有&ldo;鱗魚屯&rdo; 號、&ldo;金槍魚&rdo;號、&ldo;西耳&rdo;號、&ldo;潛水員&rdo;號等十餘艘。3月至4月，日軍運輸船被擊沉13艘，7．3萬噸，另重創多艘；5、6月間，日軍艦船被擊沉達18艘，9．8萬噸，其中包括一艘水上飛機母艦，另有兩艘沉船噸位不明，未計算在內；7月至10月，日軍艦船被擊沉達33艘，13．5萬噸（多艘船噸位不明，未計），另擊沉一艘德國襲擊艦。美潛艇這一時期的活動，使日軍在中太平洋海區陷入彈盡糧絕的地步，為美軍的大反攻奠定了基礎。
這年的11月到次年2月，美軍先後在中太平洋的吉爾伯特群島和紀紹爾群島展開反攻。美潛艇在這一海域進行的破交活動更趨活躍，三個月擊沉日艦船80艘，37萬餘噸。至此，日軍不僅不再能在中太平洋海區組成一道阻止美軍進攻的防線，甚至也不能組成一道阻止美潛艇進攻的防線。美國人戰爭開始時即把潛艇用於戰略目的，現在開始收到成效。
這一時期，美潛艇在西南太平洋、日本本土和中國近海的表現也十分出色。1943年3、4月間，&ldo;白楊魚號&rdo;一次出航西南太平洋，沉船8艘，排水量3．88萬噸，其中包括1．75萬噸的日本運兵船&ldo;鎌倉&rdo;號。5月，&ldo;潛水員&rdo;號等3艘美潛艇首次透過宗谷海峽，進入日本海，沉船2艘，在日本本土造成巨大震動。其後，&ldo;鋸鰩&rdo;號、&ldo;哈德&rdo;號、&ldo;鱗魚屯&rdo;號、&ldo;灰色鯨&rdo;號、&ldo;海馬&rdo;號、&ldo;泥魚&rdo;號等頻繁出擊日本近海、帛琉航道、中國東海、南海，到處襲擊日本艦船，封鎖日本海上交通，分割日本本土與中、西南太平洋上日軍的聯絡，幫助美軍完成太平洋上的反攻作戰。這時，不僅日軍在因海上交通線被切斷而在太平洋戰場上節節敗退，國內的生產能力也因海上被封鎖而呈現衰敗跡象。
1944年6月到1945年6月，是太平洋海戰最激烈的一年。美軍由進攻馬裡亞納群島開始，相繼展開了馬裡亞納群島之戰、菲律賓群島之戰和中途島之戰。美潛艇隨著戰線向日本本土推進又縮緊了對日包圍圈。尼米茲仍將潛艇用於兩個戰場，一是配合&ldo;越島攻擊&rdo;，遂行戰役任務，二是封鎖日本，切斷其&ldo;海上生命線&rdo;，枯竭其戰爭能力。美潛艇在這一階段的戰鬥，也更為激烈和精彩。
功勳卓著的&ldo;海馬&rdo;號：1943年11月，美潛艇&ldo;海馬&rdo;號在日本九州附近擊沉日本艦船5艘，2．7萬噸；1944年1、2月間又在加羅林群島西部海域擊沉日本艦船5艘，1．3萬噸；3月下旬，按照美太平洋艦隊總司令的命令再次出航，駛往馬裡亞納群島執行破交任務，1個月內又沉船4艘，1．9萬噸，還在一場遭遇戰中英勇地將日潛艇&ldo;伊－45&rdo;號擊沉。
一次意義重大的潛艇戰：1944年4月，日軍為增援西面太平洋戰場，組成了一支16艘艦船的運兵船隊，由上海出發，行至菲律賓呂宋島西北海面遭到美潛艇（艇名不詳）襲擊，&ldo;第一吉田丸&rdo;很快中雷沉沒，船上2700名日軍全部喪身大海。幾天後這支運兵隊再次從馬尼拉啟航，駛往哈馬黑拉，途中3艘運兵船再次遭美潛艇（艇名不詳）攻擊，8000日本兵喪生魚腹。美潛艇的這兩次戰鬥，直接導致了1萬餘名日軍的死亡。這樣重大的戰果，可能是美太平洋艦隊司令尼米茲也沒有想