在暴風之上。而他們的覺醒，更帶來天翻地覆的鉅變。八神和莉安娜陷入瘋狂，成為神族的殺戮機器。神族之王OROCHI復活，要洗滌汙穢的人間。
在這場與人類與神族的全面戰爭中，所有戰士都盡了自己的能力。但是最後的戰鬥，只屬於四個生命體。草薙京、八神庵、神樂千鶴，傳說中封印大蛇的“三神器”之守護者站到了一起，與OROCHI展開了毀天滅地的血戰。
一場人類企圖反抗神的戰爭。
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作業系統有了嶄新的變化，分成了ADVANCED MODE和EXPERT MODE兩種模式。它們共通點有：
重擊：同按CD，擊飛。
防禦破壞：當角色一定時間內擋了一定量的攻擊，防禦就到了極限。此時他再受到攻擊的話，這招就會把他的防禦狀態破壞。
倒地迴避：即受身。在角色被擊倒要落地的一瞬間按A＋B的話，那麼角色就會向後滾，不會倒在地上。
挑釁：按START鍵，角色會作出挑釁的動作，不過只是用來氣人，不能減少對手的能量。
隊友援助：當血比對手少，且在隊友旁，被可掙脫的連續打擊型投技逮住時、昏暈時按ABC，可撥出援助。
然後是兩種模式各自的特點。
ADVANCED MODE：
蓄能方式有了改變，主要透過搖招和打擊對手增長能量，應該是為了鼓勵進攻。能量槽滿即可形成一顆能量豆，然後重新開始積能，最多能同時有三顆能量豆。
DASH（疾進）：向前跑或向後疾退。
跳躍：繼承了KOF96中跳躍的分類，分為原地跳躍、小跳躍、中跳躍及大跳躍。
緊急迴避：當玩家輸入（→）A＋B時，角色便會向前滾；若輸入←A＋B，角色便會向後滾。迴避過程無敵，但有被投的判定。
投技破壞：當被對手施以普通投技的一瞬間，只要採用AB同按等方式便可破壞。指令投通常不可破壞。
能量回避：當角色格擋對方攻擊時，玩家可輸入←A＋B或→A＋B進行GUARDCANCEL緊急迴避。會消耗一顆能量豆，迴避過程無敵，迴避後無破綻。
能量反擊：當格擋對方攻擊時同按CD，便會立即反擊，成功即將對手擊飛。會消耗一顆能量豆，威力很小，只去對手一絲血，但是可起到破壞攻擊節奏等作用。
MAXIUM狀態：當角色有能量豆時，輸入A＋B＋C便可啟動MAXIUM狀態。在此狀態中，角色的攻擊力會變成原來的1。5倍，彈得也更開，超必殺技變為MAX版。
EXPERT MODE：
沿用原來的蓄能方式，自己同按ABC蓄或捱打蓄。
DASH：向前小跳一步或向後小跳一步，在向後小跳時有極為短暫的無敵時間。DASH可避開大部分角色的蹲下重腳，比過去有了更高的速度。
跳躍：只分為兩種，即原地跳躍和大跳躍。
側身閃避：只要玩者按A＋B，角色便會在原地作閃避動作，在此動作期間角色全身處於無敵狀態，但有被投的判定。
瀕死狀態：當角色的HP低於八分之一，HP的顯示便會不停閃爍，在這種狀態下角色可無限次使用超必殺技。
MAXIUM狀態：當角色的能量槽儲滿時，角色便進入MAXIUM狀態。這時攻擊力成為原來的1。5倍，並可使用超必殺技，如果同時HP低於八分之一，那麼便可使用MAX超必殺技。
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出招列表（標有感嘆號的是超必殺技）：
日本隊
草薙京
外式 轟斧陽：→＋