根軸上的一系列轉子，以及一個每次按鍵後就會是一個或幾個轉子旋轉的聯動裝置。
每次按鍵後最右邊的轉子就會旋轉，有時候也會帶動相鄰的轉子旋轉，轉子的持續旋轉就會造成每次按鍵後得到的加密字母都不一樣。
而機械系統這樣運作的原因則是為了產生不同的電流通路，，字母的加密則由機器自動完成。轉子上裝有金屬的觸點。這些金屬觸點連線到相鄰的轉子的觸點上最終形成一條完整的電路，當一個按鍵被按下後。電流就會流過這條線路，最終點亮其中一個燈。這個燈顯示的就是加密後的字母，每一次轉子旋轉都會聯通不同的線路，轉子越多、旋轉的次數越多，線路變更的就越複雜，這樣持續的線路變更就會讓密碼的破譯變得更困難，從而帶來極高的保密性。
並且為了進一步提高保密性，迷還安裝了可以允許操作員手動設定不同線路的接線板，接線板能夠讓電流進入轉子後改變它原本會經過的透過金屬觸點連線起來的線路，接線板的使用相當於讓迷多了不止一個轉子，如果說沒有接線板的轉子機還能夠透過數學計算的方式透過人工破譯，那麼使用了接線板後，想要破譯就需要藉助特殊的計算裝置了。
而歷史上恩尼格碼機的一個巨大設計問題也被避免了，那就是反射器，它可以將最後一個轉子的兩個金屬觸點連線起來，將電流經過另一條線路倒回，這就使加密和解密的過程變得一致了，也許在使用上會帶來一些方便，但是卻給密碼機帶來了一個特性，那就是加密後得到的字母與輸入的字母永遠不會相同，這在概念學和密碼學上都是一個嚴重錯誤，也成了二戰中盟軍破解德軍密碼的一個重要突破口之一。
謝爾比烏斯自己設計的恩尼格碼a型和b型上也沒有反射器，只不過作為商業用途的c型為了考慮使用性，在1926年由謝爾比烏斯的同事威利？科恩設計並安裝了這個玩意。現在德國人自然沒有這個設計。
在操作步驟上現在德國人也採用的是歷史上1940年以後的方式，因為轉子機的的設定經常變動，但是轉子的的起始位置卻是每傳送一條資訊就要更換的，以防止以相同設定加密方式傳送一定數量的資訊後會被破譯者找到規律。
但是最初德國人的操作步驟中存在一個巨大錯誤，那就是指示器步驟，他們會先按照密碼本的記錄來設定機器，然後隨意輸入3個字母，接著為了保險起見重新輸入一遍，雖然輸入的是3個字母，但是重複輸入得到的卻是6個不同的字母，然後再將轉子調到他輸入的那三個字母的模式上才開始輸入原文。
但是這樣做的結果是他將自己設定的輸入模式打進了電文，另一方面出現了重複輸入，這也是一個巨大的錯誤。一旦被摸清了規律，第三方將會立刻知道你的輸入模式。
歷史上馬裡安？雷耶夫斯基、傑爾茲？羅佐夫和亨裡克？佐加爾斯基在1932年就能夠破譯早期恩尼格碼加密的電文也是依靠這個錯誤作為突破口的。戰時德國人改變了操作步驟，加上接線板的運用讓恩尼格碼的保密性提高了數個等級。
哪怕是一臺只有3個轉子的恩尼格碼機都會擁有接近17000個組合，即使線路和一些設定被人所知，想要摸清規律也需要嘗試1000次以上，因此想要靠人力使用窮舉法來找出密碼是完全不可能的。
只不過到了二戰時期英國人投入的人力、物力和財力也不能同日而語，為此專門設計的炸彈機和巨像計算機等解碼裝置的投入更是大大提高了工作效率。
不過至少以一戰的技術標準，迷幾乎可以稱得上是不可破譯的，就算迷被繳獲，以英法的技術實力也無法進行破譯，歷史上1931年法國人透過叛變的德國密碼處工作人員施密特拿到過恩尼格碼機的操作和內部線路資料，但是法國人依然無法破譯恩