可夢的休憩之處。據說在當時，一隻巨大的銀色寶可夢棲息於鍾之塔頂，相對的鈴鐺塔則住著彩虹色的鳳王。然而，在150年前，一場閃電擊中了鍾之塔，劇烈的大火燃燒了整整三天，在一場傾盆大雨之後才被熄滅。洛奇亞和鳳王逃離了這場災難，之後洛奇亞到漩渦島棲息。在那時起，第一屆寶可夢聯盟比賽開始舉辦。
第“零”區的建造：
200年前，在帕底亞地區，第零區觀測隊抵達了第零區最深處。觀測隊隊員海哲撰寫的探險記《朱之書》／《紫之書》開始發表並流行起來，但因內容充斥著難以置信的描述和荒唐無理的插畫而被眾人當作是超自然文學。在大約140年前，有人在第零區發現了太晶化的寶可夢，雖然人們把這些寶可夢從第零區帶了回來，但它們失去了身體的光芒。之後很長的一段時間裡，太晶化現象都被謎團籠罩。在距今10年前，奧琳博士／弗圖博士解明瞭太晶化的原理併發明瞭太晶珠，讓這項技術得以實用，並且提供給了寶可夢聯盟和學校。
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衝突長達十年：
在數年前，人類從夢幻的基因中克隆出超夢，超夢逃脫了人類的控制並破壞了紅蓮鎮上的寶可夢屋。不久之後，紅蓮鎮的火山噴發破壞了島上的許多區域。在現代時期，秋葉原博士創造了第一隻人造寶可夢多邊獸。另外熔岩隊和海洋隊的老大喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在現代，由於環境的異常變化，神奧地區開始變得寒冷。邪惡組織銀河隊使用紅色鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納。由於主角的干涉，銀河隊的計劃沒有得逞。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是毀壞的世界的入口。騎拉帝納和銀河隊老大赤日進入了毀壞的世界，之後這個入口的關閉讓神奧地區恢復了平和。
在近年，以n為首的等離子隊在合眾地區活動。魁奇思以合眾的建國傳說四處遊說，表面上是想解放寶可夢，實際上在醞釀更大的陰謀。而n則為他的理想捕捉了捷克羅姆或萊希拉姆，當擊敗冠軍阿戴克後，主角在各個道館館主的幫助下，喚醒了另一條龍寶可夢在n的城堡及時阻止了n，但n幕後的魁奇思露出了他的真面目。由於主角的活躍，逮捕了魁奇思，n乘著捷克羅姆/萊希拉姆飛走。國際刑警官員帥哥在主角的幫助，逮捕了等離子隊餘黨，合眾地區的風波被平定。2年後，等離子隊分裂成兩派。魁奇思帶領等離子隊企圖用酋雷姆的力量凍結合眾地區，後來被主角及n阻止。魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆／萊希拉姆 合體。最後，酋雷姆被主角制服，合眾地區免於受到危機。
就在這段時間裡，卡洛斯地區的閃焰隊打算使用“最終兵器”改變這個世界。因而喚醒了哲爾尼亞斯x／伊裴爾塔爾y。主角制服了它們以後，卡洛斯地區3000年前的國王az的後代，閃焰隊老大弗拉達利使用能進行超級進化的寶可夢打算阻止主角離開閃焰隊秘密基地。最後，主角成為冠軍，回到密阿雷市接受表揚。az與花葉蒂再次相遇。卡洛斯地區脫離了危險。
近年，以太基金會理事長露莎米奈為收集究極異獸，她透過一系列手段開啟了究極空間，但是她的女兒莉莉艾和兒子格拉吉歐都離她而去。之後以太基金會分部長扎奧博邀請了主角和哈烏來到以太樂園，在他們與露莎米奈一同見到了ub01：寄生物，之後乘勢綁架了莉莉艾。在主角和哈烏解救出莉莉艾後，主角和莉莉艾前往到波尼島，讓小星雲進化為索爾迦雷歐s／露奈雅拉，並進入究極空間讓露莎米奈迷途知返。在打敗了露莎米奈後，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。主角一行人乘坐索爾迦雷歐s／露奈雅拉返回到阿羅拉地區。
若干年後，伽勒爾聯盟的會長洛茲使