原官總督薊遼等處一切城池防務、兵營事務。以上王之臣應該算是遼東經略的重要職位加尚書銜。就這樣，在山海關、錦州巡視防務的大將軍督師袁崇煥並不知道，一場皇宮大內精心安排的“政治陰謀”，正在京師悄無聲息地展開了。
天啟六年，七月癸酉，兵部尚書薊遼總經略總督師滿桂，突然前往鎮守山海掛徵虜將軍印駐關門。同時兼管四路兵馬轄制。先是遼東督師王應陳請以鎮守榆關，這時已降為巡撫的袁宗煥甚為憤憤不平。於是，袁崇煥上疏奏摺於皇帝言："臣前偶與督臣相左，今各捐去成心，敢隨督臣之後以滿桂，處則圍困，節律於臣耳也。滿桂即著星馳到任之也，後督撫既不和，滿桂亦當與督、撫並化未合成心，爾不得藏蓄觀望，有負使命耳”。此事，一過半月，則兵部尚書薊遼總經略總督師滿桂甚怒，於是秘密奏於司禮監大內總管魏忠賢推薦孫承宗，重用孫承宗則調袁崇煥回京師。
天啟末年，幾位新上任的督師級別都很高，如孫承宗、楊嗣昌都是內閣大學士，袁崇煥雖然稱為督師也是加了兵部尚書銜。可是，此時明廷天啟皇帝覺得袁崇煥與王之臣不能相互協作，於是將王之臣召回不再設立經略一職，二次恢復了兵部尚書銜與薊遼總經略總督師之職，二次重新任用袁崇煥節制關內外盡兵馬，盡屬袁崇煥管理派遣運用。而這兩次薊遼總經略總督師袁崇煥罷免，而後又兩次重新迴歸山海關諸調防務。與一個神秘人物有著千絲萬縷的聯絡，然而另一場“陰謀詭計”又悄然而來。
原來，薊遼總經略總督師袁崇煥，於是趁皇太極舉兵朝鮮之際，派人修繕錦州、中左、大凌三城。而朝鮮王朝和毛文龍同時向大明王朝皇廷告急，大明王朝皇帝急任命袁崇煥前往救援。薊遼總經略總督師袁崇煥立即派遣水軍增援毛文龍，又派左輔、趙率教、朱梅等人率領九千兵力逼近三岔河以牽制後金的皇太極三路軍馬。 而朝鮮王朝倒向清廷進攻毛文龍，卻被毛文龍擊敗後金軍也被毛文龍擊退史稱"丁卯之役"。
這正是：
白馬金刀戰朝鮮，東擋西殺五路兵。
一朝天子一朝臣，忠勇不敵縐媚言。
彈指一揮，三月匆匆。遼東總兵官賀錦城駐守遼東多年，先後收復開原，鐵嶺等重鎮，擢其戰功加封忠勇侯，新任左都督總兵統領。同年四月，趙率教在錦州督護城防建造工程，明廷派尤世祿前來接替趙率教，又以左輔為前鋒總兵官，駐紮大淩河。
五月，皇太極從朝鮮退兵後，率兵直抵錦州，將其包圍。趙率教與紀用一方面閉城堅守，一方面派遣使者議和，想以此拖延時間等待援軍，使者跑了三個來回仍舊沒有決定，而後金軍的攻勢越來越猛。袁崇煥以寧遠的兵力不能輕易調動，於是讓尤世祿、祖大壽率領精銳騎兵四千繞到大軍後面決戰，另派遣水軍從東面進行牽制，並請求薊鎮等地發兵東護關門。明廷命山海關的滿桂移駐前屯，三屯孫祖壽移往山海關，宣府黑雲龍移往一片石，薊遼總督閻鳴泰移到關城，又調動昌平、天津、保定的部隊奔赴上關;傳檄山西、河南、山東等地的守將整備好兵馬聽候調遣。
尤世祿剛要整備出發，後金軍又分兵來攻寧遠，袁崇煥與劉應坤、畢自肅率將士登上城樓防守，在濠溝內排列陣營，用炮遠距離轟擊。而滿桂、尤世祿、祖大壽在城外與後金軍搏戰，死傷比較多，滿桂也中箭負傷。
後金軍從寧遠撤退後增加錦州的攻勢，但仍舊無法攻克，而且傷亡慘重，六月，後金軍撤兵，史稱"寧錦大捷"。而後金軍撤兵時順道毀壞大小淩河二城。
寧錦之戰後，滿桂、趙率教等人都得到了應有的賞賜，但袁崇煥卻因為魏忠賢讓他的黨羽彈劾袁崇煥不救援錦州，論功行賞時，只給袁崇煥增加一級官階。尚書霍維華為此感到不平，上疏乞求辭去廕襲子孫的賞賜，但魏忠