多路加獸活了下來，但世界樹的實驗已經成功。之後，在世界樹的命令下，金甲龍獸抓住多路加獸交給了世界樹。
透過掃描多路加獸的資料，世界樹製造出了只知道消滅數碼寶貝的生物兵器——死x多路暴龍獸，對剩餘的數碼寶貝們進行清掃。
木乃伊獸、巫師獸……還有許許多多為了生存而戰鬥的數碼寶貝，但這在數不清的死x多路暴龍獸面前，也只是杯水車薪。
“住手————！！”
在被肆意殘害的生命面前，多路加獸憤怒地進化成了多路暴龍獸。那相似與死x多路暴龍獸的外貌，讓現場的數碼寶貝感到不解，敵視著他，也讓多路暴龍獸自己迷茫。
“怎麼會……我這是……？”
短暫地消沉過後，多路暴龍獸選擇了和死x戰鬥，救下其他的數碼寶貝，即使受傷也在所不惜。
這拼命地行為讓迪哥獸依舊安心落在了他的身邊蹦蹦跳跳，其他數碼寶貝們也選擇一致，和他一起對抗現在的危機。
獲得了x抗體後的紅蓮騎士獸及時救場，讓戰鬥暴龍獸x和鋼鐵加魯魯獸x帶領其他的數碼寶貝離開這裡，獨自讓多路暴龍獸留了下來。
“我活下來，真的好嗎？如果我死了，就不會像現在這樣了……”
數不清的數碼寶貝被肆意屠殺，剩餘的數碼寶貝們只能在死亡中尋求生存……
“我也想知道這個答案，我究竟是什麼東西？為什麼我會在這裡？任何生命都希望生存，沒有哪個生命，從他出生起就被這個世界拒絕。
多路暴龍獸！去世界樹那裡吧！你也想知道自己究竟是什麼東西吧？！”
紅蓮騎士獸為多路暴龍獸開啟了前往面見世界樹的大門，自己留下來獨自阻攔死x多路暴龍獸群。
在多路暴龍獸見到世界樹的面前，奧米加獸成為了最後一道阻礙。已經無法忍受數碼世界現在的混亂，奧米加獸本打算去面見世界樹，但多路暴龍獸的到來，讓他隱隱有些明白了紅蓮騎士獸的用意。
“我們之間只有一個能得到答案，打敗我，我就能滿足你去見世界樹的願望。”
“為…為什麼要這樣做？”
“我們的想法很相似，那麼我們之間只要有一個人能到達世界樹那裡，領悟到真實的答案就好。”
“等等，沒時間了，再不快點見到世界樹的話，數碼世界會……”
“如果你見到了世界樹，找到了答案的話，數碼世界就不會滅亡了嗎？！連和我交手的力量都沒有，見到世界樹又有什麼用？”
“不是，我不希望戰鬥……我沒有理由和你戰鬥！”
“即使你沒有，可我有。你是賭上了什麼來到這裡？！”
“堵上存在的一切……”
“那麼，來戰鬥吧。向我證明你所賭上的一切！”
奧米加獸不斷刺激著多路暴龍獸，激發著他的鬥志，在金甲龍獸震驚的眼神中，傳說中的聖騎士——阿爾法獸誕生了。
世界樹利用多路獸培育出的死x多路戰龍獸擋在了兩位皇家騎士的面前，即使成功消滅，但他又進化成了更強大的死x獸。
阿爾法獸發現死x獸是其影子，主動和他同歸於盡，把自身的x抗體交給了奧米加獸，讓進化成了更強大的姿態。
“全部刪除！”
世界樹被消滅（？）掉了，數碼世界渴望生存的數碼寶貝活了下來。但好景不長，黑暗領域的勢力趁著這段空虛期，大舉進攻，皇家騎士們為了保護數碼世界，或是戰死，或是下落不明，付出慘痛的代價擊退了他們。
剩餘的皇家騎士拖著殘破不堪的身軀，繼續遊蕩在數碼世界，見證著下一任管理者的興盛與衰替。
在往後的日子