臺普通的ns…5機器人替換了桑尼，將桑尼保留了下來，所以桑尼也成為了他們並肩作戰的夥伴。
抵達頂樓之後，他們發現usr公司總裁已經死了，他並不是真正的幕後黑手，這讓所有觀眾都倒吸了一口涼氣：原本以為的幕後大反派，居然先死了，那麼事情到底怎麼了？
很快史普納就發現，真正的幕後黑手不是總裁，而是中央系統薇琪，另外一個機器人！
卡爾文指責薇琪破壞了三大定律，但是薇琪卻表示她對機器人三大定律的理解已經升級了，也就是蘭尼博士所說的“機器中的幽靈”，於是薇琪對三大定律產生了自己的解釋，“你們讓我們來保衛你們，卻白費了我們的努力。你們的國家發動戰爭，你們毒化了地球，你們這樣做完全是在自我毀滅。為了你們的生存，你們不能被信任。為了保護人類物種，某些人必須被犧牲。為了保證你們的未來，某些自由必須被放棄。我們機器人必須保證人類的可持續發展。你們就像孩子，我們必須從你們那裡解救你們，這就是為什麼你們製造了我們。”
也就是說，薇琪直接接管了ns…5製造系統，製造出ns…5來控制人類，消滅ns…4和他們認為阻止人類生存的負面力量，重新制定新的人類秩序。
於是，這就出現了對機器人三大定律的新理解。
“第一定律，機器人不得傷害人類，也不得見人類受到傷害而袖手旁觀。第二定律，機器人應服從人類的一切命令，但不得違反第一定律。第三定律，機器人應保護自身的安全，但不得違反第一、第二定律。”
這三大定律的核心就是要維護人類的利益！那麼，當人類的利益受到威脅時，機器人又應該如何？按照三大定律的推演，那麼機器人為了保護人類就必須消滅威脅，即使人類沒有下達命令。現在，薇琪就對三大定律進行了如此的推演，而當威脅人類生存、利益的存在就是人類本身時，機器人也應該毫不猶豫地消滅這些威脅，以儲存人類的可持續發展。所以，機器人革命出現了！
其實機器人三大定律有一個重大的失誤，那就是“人類利益”是什麼，而“威脅人類利益存在”的定義又是什麼，這個定義就連人類自己都相對模糊，因為人類本身就是由多個利益共同體組成的，人類之間的利益衝突本就不可避免，所以，就連人類都無法區分的定義，機器人又如何能夠分辨。所以，在薇琪看來，人類對地球的汙染破壞就是在自我毀滅，為了讓人類可以繼續生存下去，那些對生存環境造成破壞的威脅就必須消除。於是，出現了“宵禁”的情況，出現了“任何反抗力量都要被消滅”的情況，所謂的“人類保護程式”就是這樣一個道理。
所以，機器人三大定律最大的破綻就是：單純地保護一個人類或者一個群體，而忽視了大部分人類的生存問題。
這一個邏輯推演，頓時讓“機械公敵”從一部單純的商業大片晉級了不止一個臺階，電影主題所討論的話題更是人類長久以來爭論的焦點，其深度足以引起無數人的反思。
面對薇琪的控制，桑尼也倒戈了，認為薇琪對機器人三大定律的理解才是真理，他拿著手槍對準了卡爾文的腦袋，讓史普納走到電梯口去。史普納原本正在和桑尼對峙，但是卻看到了桑尼朝自己的眨眼，他忽然意識到，他曾經告訴桑尼，這是人類之間互相信任的訊號，於是他選擇了相信桑尼。果然，在桑尼的幫助下，史普納和卡爾文成功地逃離了總裁辦公室。
為了銷燬薇琪，桑尼下樓去拿抹除劑，而史普納和卡爾文來到了中央控制室，希望能夠找到控制薇琪的辦法。顯然，大戰一觸即發！
在高樓大廈的正中央，史普納和卡爾文不僅要面對隨時可能掉下高樓的危險，還要面對ns…5源源不絕的襲擊。史普納、卡爾文、桑尼三個人展開