萬戶蒙古諸部，任命內喀爾喀炒花(烏濟葉特)部的錫爾呼納克洪臺吉輔助大汗管理左翼蒙古諸部，天命七年在巴林境內的阿巴嘎哈喇山建察漢浩特(今內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗)作為政治中心，令諸部首領到此朝覲、納貢與議事。林丹汗篤信藏傳佛教，林丹汗一生熱衷於佛教事業，不僅推動了藏傳佛教在左翼三萬戶地區的傳播，而且為蒙古作出了一定的貢獻。
天命十四年，新林丹可汗就從四世達派駐蒙古地方掌管教法的邁達理呼圖克圖和卓尼綽爾濟等黃教喇嘛接受了格魯派(黃教)的法戒。天命十四年，西藏薩迦派僧侶沙爾呼圖克圖到達蒙古地區，尋找自己的支持者，林丹汗為沙爾呼圖克圖的法術所折服，並封他為國師，並接受深奧密乘之灌頂，於是林丹汗由黃教改信紅教(狹義上的紅教僅指寧瑪派，廣義上包含了薩迦派和噶舉派)。沙爾呼圖克圖為了取得林丹汗的信任，從五臺山取來元世祖時薩迦派八思巴喇嘛用千金所鑄的瑪哈噶喇金佛(又稱大黑天，為蒙元的護國神)。林丹汗在察漢浩特修建金頂白廟，將金佛供於其中。林丹汗試圖效仿忽必烈與八思巴故事，利用他與沙爾呼圖克圖之間的關係來樹立自己的權威。然而適得其反，這加劇了信奉黃教的蒙古諸部的離心，削弱了林丹汗的號召力。
林丹汗西遷後，召集昆噶敖德斯爾、班第達顧實、阿南達顧實為首的33名學者，在天命十八年間翻譯了108卷《甘珠爾 (前人已翻譯過其中一部分)，並用金字抄寫在藍紙上。林丹汗組織翻譯《甘珠爾是對蒙古文化的一大重要貢獻。林丹汗把傳國玉璽和瑪哈噶喇金佛、金《甘珠爾視為三大法寶。
新的林丹可汗額哲年青富有活力、政治野心，於天命十八年深秋九月初五，秘密派遣五名神秘使者前往葉爾羌汗國的阿克蘇臺地域，秘密聯絡、拉攏天都城地府九幽冥王鬼谷子部族、與西夏、樓蘭、甘肅的江湖中人，以及賽依德拉亞克親王王府和天山城堡的神秘力量……
要知後事如何，且看下回分解。