說無非是場面之詞而已。熱熱鬧鬧的宴會散去，回到寓所的他便召集著諸人開會，所說的就是杭州一案。
官司纏身的孫汶擔心著杭州之事徹地曝光，真如此。不要說同盟會，就是他的名聲也是臭了；而同樣官司纏身的楊銳只把韓玉秀的案子當做一種解脫，前一次整肅死的那些人雖然正了名。但他心中猶有一身感覺，良知告訴他這樣做的還不夠——把人弄死了，正個名就好了，在算什麼事？這次審判正好可以給他一次徹底洗清的機會。如此他心中也好受些。帶著這樣的想法。他根本就沒有和人商議案情，只是把心思放在其他地方，比如說運輸。
運部是除工部之外是總理府各部中最龐大的部門，它不但管理鐵路、還管理公里、水路、電信電報、郵政，最後還有航空運輸，這些東西放在後世完全是可以獨立成為一個部門，但現在楊銳故意的把他們整合在一起，統稱運部。
部門分的越多。工作做的也就越細，對於技術來說。這是好事，但對於物流來說這未必是好事，在他看來，全國的物流必須是綜合全面考慮的事情，不能鐵道部只想著修鐵路，公路局只想著修公路，如此的分工雖然會讓各種運輸方式互相競爭，但更會彼此內耗，所以全國的物流必須統籌起來，絕不能各自為政。
這是楊銳對於物流部門工作安排的看法，而對於物流本身，他則喜歡水路而非鐵路，也就是說，全國的運輸網最基礎的是水路運輸，而後才是鐵路運輸，最後是公路和航空補充。
負責運部的盛宣懷對於他的觀念無法理解，特別是楊銳把河流的運輸作用放在灌溉和水電之上，比如他禁止農部使用黃河水灌溉，也禁止在黃河以及長江上修水電站，這是完全讓人無法理解的，但楊銳就是這樣命令的，而且沒有解釋原因，弄得農部的陶成章以及土部的水利負責人武同舉很是尷尬。不但如此，楊銳還下了禁令，即華北、西北地區永遠不得使用河水灌溉，同時任何河流，只要會影響航運，就不得修築水電站，再有就是一切橋樑修築不得影響航運，特別是長江。
楊銳這三道不近人情的命令只讓人牙疼，但是沒辦法，他是總理，陶成章也好、武同舉也好、甚至盛宣懷也好，只得領命。其實楊銳如此下令，也是因為後世經驗以及地攤文學的影響：經驗者就是灌溉，後世西北華北引黃河灌溉的不少，弄了不少所謂的塞上江南，但結果便是灌溉引起地下水位上升，土地鹽漬化幾十年也難以治理；而地攤文學則揭露長江各大橋影響航運、三門峽水電站禍國殃民、三峽大壩建成庫體就開裂等等謠傳資訊之類。
如此的薰陶只讓楊銳對水電站和大橋很厭惡，這才認定於河流除了治理水患外，其主要的作用就是航運，灌溉和水電完全靠邊。上有所好，下必甚焉，運部很快就按照‘河運為基、鐵路為幹、公路為補’的思路拿出了全國運輸網草案。
河運：橫向從北到南為黃河、淮河、長江三條；縱向其實並沒有一條可以聯通的大河，在東北只有黑龍江、華北華東是京杭大運河以及錢塘江、而華南則是珠江。為此，楊銳不顧京杭運河已經淤塞的事實，為了讓全國有一條縱向河流，居然要在贛江和珠江水系之間開鑿一條運河，運河不長，只有幾十公里，但工作量卻是巨大，即便忽略技術因素強行開鑿運河，其所耗費的資源也不是現在國力能夠承受，幸好這只是全面長期規劃，並不是說現在就要開挖，這才讓盛宣懷放下了心，但多了這麼一個要長期投資維護的河運網，詹天佑等鐵路派還是很憂心修鐵路的資金不夠。
河運雖然是運費低廉，但除卻河道維護費用高昂外，依然有兩個問題：其一，國內河運船隻不夠，根據統計。即便是算上幾十噸的小船，全國也只有不到五萬噸的運量，而且這些船大部分是帆船。所以即便是修了河道碼頭，也不能有效利用這些河道；其二