聯盟立刻停止開發，並撤離所有人員。星淵族擁有強大的科技和武力，他們的戰艦能夠在瞬間穿越星系，武器的威力足以摧毀一顆小型星球。
面對這突如其來的挑戰，宇宙聯盟陷入了兩難的境地。如果與星淵族開戰，可能會引發一場曠日持久的宇宙戰爭，給聯盟和周邊星球帶來巨大的災難；但如果放棄這個神秘星球，聯盟的資源發展計劃將遭受重創，未來的發展也會受到嚴重阻礙。
主角再次挺身而出，他試圖與星淵族進行和平談判。他帶領著外交使團前往星淵族的領地，希望能夠透過溝通解決爭端。然而，星淵族態度強硬，他們對主角的談判請求不屑一顧，並將外交使團囚禁了起來。
得知這一訊息後，宇宙聯盟群情激憤。各星球紛紛表示願意出兵，解救主角和外交使團，扞衛聯盟的尊嚴和權益。一場新的宇宙危機就此拉開帷幕，而天空之城又將在這場危機中扮演怎樣的角色，主角又能否再次帶領聯盟化險為夷，一切都還是未知數……