在徹底消滅“混沌軍團”之後，聯合艦隊繼續在浩瀚宇宙中巡邏，維護著宇宙的和平與秩序。
一次，聯合艦隊在探索一個未知星系時，接收到了一段神秘的求救訊號。訊號來源是一顆被濃密大氣層包裹的行星，聯合艦隊決定前往一探究竟。
當艦隊靠近這顆行星時，他們發現大氣層中充滿了強烈的電磁干擾，使得艦隊的通訊和導航系統幾乎癱瘓。經過艱難的調整和突破，聯合艦隊終於成功降落在行星表面。
這裡的環境極為惡劣，到處是熾熱的岩漿河流和劇毒的氣體。在探索過程中，聯合艦隊發現了一個被遺忘的實驗室，裡面似乎進行著某種禁忌的實驗。
經過深入調查，他們發現這個實驗室曾經試圖創造一種能夠融合所有生物基因的超級生命體，但實驗失控，導致整個星球陷入了災難。而發出求救訊號的，正是實驗室中殘留的智慧系統，它希望聯合艦隊能夠阻止這場災難的蔓延。
聯合艦隊立刻著手解決問題。他們首先要面對的是一群由實驗變異產生的恐怖生物，這些生物擁有強大的力量和頑強的生命力。聯合艦隊的戰士們與這些生物展開了激烈的戰鬥，利用先進的武器和戰術，逐漸控制了局面。
然而，更大的威脅還在後面。實驗產生的一種能量病毒開始在行星上擴散，感染了所有的生命形式，使其變得瘋狂和極具攻擊性。聯合艦隊的科學家們爭分奪秒地研究病毒的特性，試圖找到解藥。
在這個過程中，聯合艦隊遭遇了多次危機。能源供應不足、武器系統故障、人員傷亡等問題不斷出現，但他們始終沒有放棄。
終於，科學家們成功研製出瞭解藥並製造了大規模的投放裝置。聯合艦隊將解藥投放到整個行星，逐漸消除了能量病毒的影響，拯救了這顆瀕臨毀滅的星球。
在離開這個星球時，聯合艦隊收到了來自另一個星系的緊急求助。一個高度發達的文明正在遭受一種神秘暗物質的侵蝕，這種暗物質能夠吞噬一切物質和能量，文明的生存面臨著巨大的威脅。
聯合艦隊迅速趕到，發現暗物質已經覆蓋了大部分的星球，並且還在不斷擴張。聯合艦隊立刻展開研究，發現這種暗物質對特定頻率的聲波有著特殊的反應。
他們利用這一發現，製造了一種強大的聲波武器。在與暗物質的戰鬥中，聲波武器發揮了巨大的作用，成功遏制了暗物質的擴張。
但要徹底消滅暗物質，還需要找到其源頭。聯合艦隊的戰士們深入暗物質的核心區域，經過艱苦的探索和戰鬥，終於找到了控制暗物質的裝置，並將其摧毀。
隨著暗物質的消失，這個文明得以倖存。為了感謝聯合艦隊，他們向聯合艦隊分享了自己的先進科技和文化，使聯合艦隊的實力得到了進一步的提升。
然而，在宇宙的另一個角落，一種新的威脅正在悄然崛起。一個名為“影之聯盟”的神秘組織開始暗中策劃一系列針對聯合艦隊和各個和平文明的陰謀。
“影之聯盟”擁有強大的情報網路和先進的暗殺技術，他們先是在各個文明之間製造矛盾和衝突，然後趁亂掠奪資源和技術。
聯合艦隊察覺到了“影之聯盟”的陰謀，開始展開調查。他們發現，“影之聯盟”的成員隱藏在各個角落，很難被發現。
在一次調查中，聯合艦隊的一名重要成員不幸被“影之聯盟”綁架。聯合艦隊迅速展開營救行動，與“影之聯盟”展開了激烈的交鋒。
經過一番艱苦的戰鬥，聯合艦隊成功救出了被綁架的成員，並揭露了“影之聯盟”的部分陰謀。但“影之聯盟”並沒有就此罷休，他們變得更加瘋狂和殘忍。
聯合艦隊決定主動出擊，對“影之聯盟”的總部發起攻擊。在這場決戰中，聯合艦隊遭遇了前所未