在成功阻止宇宙帝國的毀滅性計劃後，聯合艦隊成為了整個宇宙的英雄，但他們清楚，和平只是暫時的，必須不斷強大自身，以應對未來可能出現的更強大威脅。
聯合艦隊回到基地，立刻展開了更深層次的全方面升級。他們將之前戰鬥中獲取的各種科技元素進行融合，火力系統再次得到了質的提升。研發出了“光子融合炮”，這種武器能夠將多種不同型別的能量光子融合在一起，發射出威力極其恐怖的光束，一擊就能摧毀一整個行星系。同時，“量子脈衝陣列”也進行了升級，其攻擊範圍和精度都有了顯著提高。
大規模戰場的戰略佈局也有了全新的進化。他們開發了“星際戰術模擬中樞”，能夠在戰前對整個宇宙戰場進行高精度的模擬，預測出各種可能的戰況，並制定出相應的應對策略。而且，聯合艦隊還訓練出了一支專門執行特種任務的“暗影突襲隊”，他們配備了最先進的隱形裝備和高威力武器，能夠在關鍵時刻出其不意地給予敵人致命一擊。
宇宙戰場上，聯合艦隊引入了“維度跳躍引擎”的升級版，不僅能夠實現更快速、更精確的維度跳躍，還能在跳躍過程中進行攻擊和防禦。同時，戰艦的外殼材料進化為“靈能合金”，這種材料能夠自動吸收宇宙中的能量，並將其轉化為戰艦的動力和護盾強度。
就在聯合艦隊不斷強大自身的時候，宇宙的深處傳來了一股神秘的訊號。經過分析，發現這是一個來自遠古文明的遺蹟，據說其中隱藏著能夠改變宇宙秩序的強大力量。
聯合艦隊決定前往探索。當他們到達遺蹟時，發現這裡充滿了各種危險的機關和強大的守護生物。在探索過程中，聯合艦隊遭遇了一種能夠操控時間的神秘力量，導致部分戰艦陷入了時間亂流之中。
但聯合艦隊沒有退縮，他們憑藉著頑強的意志和先進的科技，逐漸破解了遺蹟中的謎團。在遺蹟的核心，他們發現了一個巨大的能量核心，周圍環繞著複雜的符文和神秘的能量波動。
正當聯合艦隊準備研究這個能量核心時，另一股強大的勢力出現了。這是一個由多個邪惡種族組成的聯盟，他們也覬覦著遺蹟中的力量。一場激烈的爭奪在遺蹟中展開。
聯合艦隊利用“光子融合炮”和“量子脈衝陣列”等強大武器，對邪惡聯盟展開了猛烈攻擊。但邪惡聯盟也不甘示弱，他們派出了一種能夠釋放出黑暗物質能量的戰艦，這種能量能夠吞噬聯合艦隊的武器攻擊，並對護盾造成巨大壓力。
在關鍵時刻，聯合艦隊的“暗影突襲隊”發揮了重要作用。他們悄悄地潛入了邪惡聯盟的後方，成功破壞了對方的指揮系統，使邪惡聯盟陷入了混亂。
聯合艦隊趁機發起總攻，逐漸佔據了上風。然而，就在他們即將取得勝利的時候，遺蹟中的能量核心突然失控，釋放出了一股強大的能量風暴。
聯合艦隊不得不全力應對這股能量風暴，他們啟動了所有的防禦系統，並利用“維度跳躍引擎”將部分戰艦轉移到安全區域。經過艱苦的努力，終於穩定住了能量核心，平息了能量風暴。
在這場危機過後，聯合艦隊成功獲得了遺蹟中的力量。但他們也意識到，這種力量必須謹慎使用，否則可能會帶來意想不到的災難。
回到基地後，聯合艦隊繼續對這種力量進行研究和開發。他們將其與現有的科技相結合，進一步提升了艦隊的實力。
與此同時，宇宙中又出現了新的危機。一種名為“星靈蟲族”的生物族群開始大規模擴張，它們吞噬著一個又一個的星系，對整個宇宙的生命構成了巨大威脅。
聯合艦隊再次踏上了征程，他們在宇宙戰場上與星靈蟲族展開了一場驚心動魄的生死較量。星靈蟲族擁有著強大的繁殖能力和適應能力，它們的身體能夠抵抗大多數的能