在科技研發緊鑼密鼓進行的同時，多元宇宙文明聯盟對軍事力量的整合與訓練也在有條不紊地推進，力求打造一支能夠有效對抗新種族的強大武裝力量。
軍事力量整合的第一步是對各文明的戰艦進行統一規劃與調配。多元宇宙中各文明的戰艦各具特色，擁有不同的技術優勢和作戰能力。聯盟軍事指揮部門根據戰艦的效能特點，將其進行分類編組。例如，一些具備強大護盾和厚重灌甲的戰艦被編入防禦艦隊，負責在前線抵擋新種族的攻擊；而速度快、機動性強且裝備高精度武器的戰艦則組成突襲艦隊，承擔側翼包抄和突襲敵方要害的任務。同時，為了確保各戰艦之間能夠實現高效協同作戰，聯盟組織了專門的技術團隊，對不同文明戰艦的通訊系統和指揮控制介面進行標準化改造，實現了資訊的實時共享和指揮的無縫對接。
在聯合艦隊的組建過程中，不同文明的船員們面臨著文化差異和語言障礙等問題。為了解決這些問題，聯盟開展了大規模的跨文化交流與語言培訓專案。船員們不僅學習彼此的語言，還深入瞭解其他文明的文化習俗、行為習慣和軍事傳統。透過一系列的交流活動，增進了彼此之間的理解和信任，逐漸形成了一個團結協作的戰鬥集體。例如，在一次聯合艦隊的模擬演練中，來自不同文明的船員們起初在溝通和配合上存在一些問題，但隨著訓練的深入，他們逐漸熟悉了彼此的作戰風格和指揮方式，最終能夠默契地完成各項任務。
除了戰艦的整合，聯盟還加強了對各種防禦設施的建設與部署。在關鍵的宇宙航道和戰略要地，能量護盾發生器被升級到最新版本，其能量輸出和防護範圍都得到了大幅提升。軌道炮陣地的佈局經過重新規劃，採用了更先進的火控系統，能夠實現對來襲目標的快速精準打擊。偵察衛星網路也進行了全面升級，新型衛星配備了更先進的探測裝置，不僅能夠探測到更遠距離的敵方動向，還能對敵方的武器系統和能量特徵進行詳細分析，為聯盟的軍事決策提供更準確的情報支援。
軍事訓練是提升戰鬥力的關鍵環節。聯合艦隊定期進行高強度的實戰模擬訓練，模擬與新種族的各種戰鬥場景。訓練內容涵蓋了從艦隊編隊作戰、戰術協同到應對各種突發情況的應急處理等多個方面。在一次模擬戰鬥中，設定新種族發動了大規模的突襲，聯合艦隊迅速啟動防禦機制，各戰艦按照預定戰術進行機動，同時運用新研發的干擾裝置和武器系統對敵方進行反擊。訓練結束後，指揮部門組織了詳細的覆盤，對訓練中出現的問題進行深入分析，並針對性地調整訓練計劃。
此外，聯盟還注重對士兵的體能和心理素質訓練。由於與新種族的戰鬥可能面臨極端危險的情況，士兵們需要具備超強的體能和堅韌的心理素質。體能訓練包括針對不同宇宙環境的適應性訓練，如在高重力、低重力或強輻射環境下的作戰訓練。心理素質訓練則透過模擬各種殘酷的戰鬥場景，培養士兵們在壓力和危險面前保持冷靜、果斷決策的能力。