進行了“廢藩置縣”的改革。這些“御親兵”後來改名為“近衛”。
由於明治維新的前期各地叛亂不斷，這些“御親兵”忙於鎮壓各地藩主士族的反叛，很是耗費了一些功夫。不過，雖然四處鎮壓，“御親兵”們卻依舊沒能起到太大的鎮懾作用。到了1877年（明治十年），來了一場被稱為“西南戰爭”的大規模反叛。被內訌轟下了臺的明治維新最大功臣，陸軍大將，前近衛都督，也就是“御親兵”們的前任大頭子西鄉隆盛（就是前面所寫的日本海軍大臣西鄉從道的哥哥），帶著7個大隊的13000名士兵打著“有話要對政府說”的不明不白的旗號從鹿兒島北上，和九州計程車族們一會師，組成了一支30000多人的部隊，把個熊本給包圍起來了。還放出話來，要一直打到大阪、東京。
當時的明治政府非常慌忙，趕緊派兵鎮壓。先是派了個文官叫熾仁親王的做征討總督，又找了兩個武將，一個就是時任陸軍中將的山縣有朋，另一個則是海軍中將川村純義，讓這兩位給親王幫忙做參軍，三人就帶了一大堆老兵新兵，以及不是兵計程車兵們去“討賊”。
為什麼說還有一群“不是兵”的兵呢？因為征討兵力不足，明治政府把東京警視廳的警察們（當時叫“巡查”）也弄到前線去玩命去了。
結果這一仗打了七個月。最後官軍贏了，賊軍首領西鄉隆盛自殺。不過，官軍也確實該贏。首先，反叛軍是所謂“賊軍”，道義上就輸了一著；其次，反叛軍的口號也不明不白，“有話要對政府說”是個什麼意思？既然有話說，那怎麼還想打到大阪和東京？這是有話說的體現嗎？第三，官軍的武器比賊軍要強的多，用的都是法國制的野山炮和步槍，賊軍卻沒有；最後就是錢，賊軍軍費只有70萬元，而官軍用了4160萬。所以說賊軍根本就沒有勝算。
但是日本政府還是很不高興。為什麼？因為雙方實力懸殊這麼大，這仗居然還打了7個月，大家覺得很不正常！於是，開會總結，幾次之後，大家理出了一條頭緒：文官掌了統帥權。文官不是武將，不知道“將在外，君命有所不受”的道理，什麼事都要請示彙報，把戰機給延誤了。還有一條呢，就是參謀的水平太差，一個好招都支不出來不說，還盡出些蹩馬腿的臭招。
本來，如果只是這樣也就罷了，山縣有朋也不會因為這個整出什麼“大日本軍人三件套”的書來。關鍵是就在明治政府在總統經驗教訓的時候，又出事了。而這次不是叛亂，是兵變！
1878年，也就是明治11年8月23日夜晚。東京竹橋近衛炮兵營。隊長宇都宮茂敏和深澤巳吉在睡夢中聽到一陣急促的腳步聲，倆人還沒來得及睜開眼睛，冰冷的戰刀已經斬斷了喉嚨。緊接著，200多名近衛炮兵和陸軍在軍營裡放了一把大火，映紅了東京的天際。
這撥兒軍隊非常有組織有紀律，這邊火燒的正旺，那邊又有90個軍士拖著大炮跑到明治維新的大功臣，大藏大臣大隈重信家門口放了幾下，然後，可能是覺得只打大臣不過癮，這些軍士又拖著炮向當時的臨時皇宮赤坂挺近。
不過，此時已經升任陸軍大臣的山縣有朋在聽到炮聲之後已經率領士兵趕來了。很快，就將那些實心眼兒，只是真心實意地希望天皇陛下能給自己做主的，一見到政府士兵就主動束手就擒的兵變軍士們給抓了起來。
可是，這些士兵根本就不能理解山縣有朋的憤怒。這位陸軍大臣根本就沒有給他們機會，直接下令將帶頭的55個人槍斃示眾，其它隨著湊熱鬧的也進行了嚴厲的懲罰。
可是，身為天皇的“近衛”軍，這些兵士為什麼要造反呢？而且，這可是炮兵啊。在19世紀中後期，炮兵，尤其是近衛炮兵，那地位跟後世中國的二炮官兵也相差彷彿了，甚至還要更高，他們為什麼要發動兵變呢？